| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3186096 = | NA (NA) | 10 (0.020) | 3/326 | 21.0 | 2.0% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3767092 = | 484 (1.170) | coding (756/843 nt) | yibA | putative immunity protein for polymorphic toxin RhsA; HEAT‑domain protein; lethality reduction protein | |||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 486 total aligned reads displayed.
GATCCAAATGGAGATGTCAGAAACTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGAAAAACCAGATGGACC > NC_000913/3766844‑3767338 | tCCAAATGGAGATGTCAGAAACTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTa > 1:1239794/1‑250 tCCAAATGGAGATGTCAGAAACTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTAc < 2:1911853/251‑1 cAAATGGAGATGTCAGAAACTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACtt < 2:5936879/251‑1 gacAGAAACTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGTTGCGGGTGAATTAGGGGATAAAACGCTACTTc > 2:96083/3‑241 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aaaCTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTa > 2:4300763/1‑251 aaaCTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑‑AAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATa > 2:4574737/1‑247 cTGGGCCGCATTTGTAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTAtgt < 2:253717/251‑1 cATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGAt < 2:556910/236‑1 cATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGAt > 1:557020/1‑236 caataaatatGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTAc < 2:1400714/232‑1 tatGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTAtgt < 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atatTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑‑AAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTAtgt > 2:2315629/1‑206 atTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTAtgt < 1:1061486/205‑1 tGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCg < 2:35142/251‑1 gTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTAtgt < 1:1012378/195‑1 gTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTAc > 2:219566/1‑200 gTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTTATAAGCTGAAGCGt > 2:3997112/1‑251 gTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTg > 1:1729815/1‑245 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agaTGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCg < 1:288734/250‑1 agaTGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGt > 2:1020865/1‑251 aTGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGa > 2:900854/1‑251 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aaaaTGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTtgatg > 1:652491/1‑186 aaaaTGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAg < 1:119614/233‑1 aaaaTGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGcac < 2:2697575/251‑1 aaaaTGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGcac < 1:5461630/251‑1 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aaaaTACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGcac > 2:5343868/1‑161 aTACTTTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATg < 2:3047274/190‑1 aTACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTAtgt > 1:1429999/1‑78 cTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGcac > 1:1485443/1‑155 gTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTtgatg < 1:1824661/88‑1 gTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAAc > 1:5226982/1‑104 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GATCCAAATGGAGATGTCAGAAACTGGGCCGCATTTGCAATAAATATCAATAAATATGATAATAGTGATATTAGGGATTGTTTTGTGGAGATGCTTCAGGATAAAAATGAGGAAGTCCGTATTGAAGCAATAATCGGACTTTCCTACAGAAAAGATAAAAGGGTTTTATCTGTTTTATGCGATGAGTT‑AAAAAAAAATACTGTTTATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGAAAAACCAGATGGACC > NC_000913/3766844‑3767338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |