Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,101,739 | 0 | C→A | 10.9% | 36.4 ‑46.3 ‑0.0 | 516 | G130V (GGT→GTT) | csgF | curli nucleation outer membrane protein |
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (56/0): ref base (185/273): total (243/273) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.19e-21 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 527 total aligned reads displayed.
GGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTATACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCTGAGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGG > NC_000913/1101490‑1101988 | gTTTCGTCCTGAATGTTGTATACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGGTAAGCATCCGCCCAGGAAAAAGACGGGAAACAAAAG‑AAAAAAACGCTGGATGATTATTTTTCTTA‑TGAAA‑CAGGGGGTTAAAAAACGGGTGA‑GGT‑ATTTTTTAAA‑ACCGAAACCTgggggggg > 1:3162287/1‑245 (MQ=255) gTCCTGAATGTTGTATACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCCCCCCGGAACATGACGGCAACCAAAAA‑AAAAAAACGCTGCCTGATTTTTTTTCTTT‑TTAAA‑CTGGGGGTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAACCCCGAAACC‑GGATGGTCGAGGt > 1:1634865/1‑251 (MQ=255) gAATGTTGTATACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAAcc < 1:206629/232‑1 (MQ=255) gAATGTTGTATACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGGTAAACATTCGCCCAAGAAAATGACGGGAAACAAAAGAAAAAAAGGGCGGCA‑GAATATTTTTCTTT‑TGGAG‑CCTGGGCGTAAAAAACAGTTGA‑GTTAATTTTTAAAA‑CCCAAAACATGGAGGGtgagggg > 1:4346848/1‑241 (MQ=255) aaTGTTGTATACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTcc < 2:2895126/251‑1 (MQ=255) gttgtATACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTc < 2:831110/247‑1 (MQ=255) gttgtATACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGGTAAACATCCCCCCAGGAACATGACGGCAACCCAAAA‑AAAAAAGAGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAA‑CTGGGGCGTTAAAATCGGGTGG‑GTT‑ATTTTTTAAA‑ACCGAAACCCTGAAGGGCGAGGTTTTTTCggg > 2:4539655/1‑250 (MQ=255) aaaCAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGa < 2:2064038/247‑1 (MQ=255) aaaCAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGa < 1:134454/247‑1 (MQ=255) aCCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTg < 2:1817630/251‑1 (MQ=255) gcgcTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTTAGCATCCGCTCCGTAACATGACGGCAACCCAAAG‑AAAAAAGCGCTGCATGATTATTTTTCTTT‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAAACGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑ACCGCAACCTTGATGGTCGAGGGTTGTCCGGTTTTATGATCTTTCC‑CGt > 1:425397/1‑236 (MQ=255) gcTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTGCAATTGAcc < 2:4890424/250‑1 (MQ=255) ggCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTTAACATCCGCTCAGTAACAAGACGGCAACCAAAAA‑AAAAAAACGCTGCATGATTATTTTTCTTA‑TGAAA‑CTGGGGGTTAAAAAACGGGTGAGGTT‑TTTTTTTAAA‑CCC‑AAAACTGGGTGGTCGAGGGTTGTTCGGGTTTACGATCTGTTA‑CGGTCAACTGGAATTTACCAtt > 1:124980/1‑249 (MQ=255) aTGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCgg < 2:124931/249‑1 (MQ=255) gTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGGTTAAAATCCGCCCCGGAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAAAAAGCGCCGCATGATTTTTTTTCTTA‑TTAAG‑ATGGGGGTTAAAAAACGGGTGA‑GTT‑TTTTTTTAAA‑CCCGAAAACTGGAAGGGCGAGGGTTGTTCGGGTTTTCGATCTGTCA‑CGTTCAAATGCAATTGACCATT‑CCGGGTGGCa > 2:5911874/1‑251 (MQ=255) cAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCGGTTGGCAat < 2:3616763/251‑1 (MQ=255) aaTCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTTAGCATCCGCTCCGTAAAATGGCGGCAACCCAAAA‑AAAAAAAGGCCGCCTGGTTTTTTTTCTTT‑TTAAG‑CCGGGGCTTAAAAAACGGTTGA‑GTT‑ATTTTTTTAA‑CCCCAAAACTGGATg > 2:349278/1‑184 (MQ=255) aaTCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGa < 2:3957004/208‑1 (MQ=255) aaTCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTc < 1:5322204/220‑1 (MQ=255) ttGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCCTCCCCCCCGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAAAAAGAGCTGCATGATTATTTTTCTTA‑TGAAA‑CTGGGGCTTAAAAAACGGGTGA‑GTT‑ATTTTTTTAA‑CCCGCAAACTGGATGGTCGGGGGTTTTTCGGGTTTTCGATTTTTCACCGTTC‑ACTGCCATTTACCATC‑GCGGTTGGGAATATCGACa > 2:572547/1‑251 (MQ=255) ttGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGAt < 2:4854470/178‑1 (MQ=255) ttGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGa < 1:5724400/203‑1 (MQ=255) ttGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCCCAGGAAAATGAAGGGAACCAAAAG‑AAAAAAACGCTGCATGGTTATTTTTCTTT‑TTAAG‑CTGGGGCTTAAAAAACCGGTGA‑GTT‑ATTTTTTTAA‑CCCGCAACCTGGATGGGCGGGGGTTGTTCGGGTTTTCGATTTGTTA‑CGTTCACATGCAATTGAACATC‑CCGGTTGGGaaatct > 2:1784144/1‑243 (MQ=255) gCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGGTTAACGTACTCTCGGTTAAACAACGGTAAACAAAAA‑AAAAAAAGGCGGCACGGGTTTTTTTCTTT‑TTAAGCCGGGGGGTAAAAAATTGGTGGG‑GTA‑TTTTTTTAAA‑ACCAAAACTGGGAGGGAC‑AGGGTTGTTCGGGTTTAAGa > 1:2938725/1‑198 (MQ=255) ctctGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCGGTTGGCAATATCGACAatat < 1:4540439/249‑1 (MQ=255) tGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCg < 2:3392835/251‑1 (MQ=255) gAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGGATCCGCCCCGTAAAATGACGGCAAACAAAAG‑AAAAAAGAGCTGCCTGATTTTTTTTCTTT‑TTGAG‑CTGGGGGTTTAAAAACGGGTGG‑GTT‑ATTTTTTAAA‑ACCCAAAACTgggt > 2:2977533/1‑166 (MQ=255) gAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCCGTAACATGACGGCAACCAAAAA‑AAAAAAAAGCTGCATGATTATTTTTCTTA‑TGAAG‑CTGGGGGTTAAAAAACGGGTGA‑GTT‑ATTTTTTAAA‑ACCGAAACCTGGATGGGTGAGGGTTGTCCGGgtttttga > 2:4643572/1‑189 (MQ=255) gAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGa < 1:4644373/193‑1 (MQ=255) gAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGt < 1:5565348/203‑1 (MQ=255) gAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTc < 2:3996365/205‑1 (MQ=255) gAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAACGCTGCCTGATTATTTTCCCTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAAACGGTTGA‑GGT‑ATTTTTTTAA‑ACCCAAACCTGGGTGGGCGAGGGTTGTTCGGTTTTTCGATTTGTCA‑AGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCGGGTGGCAATATCCACAATATAATAGt > 1:3422359/1‑251 (MQ=255) gAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGGTTAACATCCCCTCCGGAAAATTACGGCCACCCAAAA‑AAAAAAAGGCCGCATGGTTTTTTTTCTTT‑TTAAA‑CTGGGGGTTTAAAAAAGGGTGA‑GTT‑ATTTTTTAAA‑ACCGAAAACCGGGTGGGGGGGGGTTGTTCGGGTTTTCGATCTGTCA‑Cgg > 2:5564425/1‑202 (MQ=255) gAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGGTAAGCATCCGCTCCGTAACCTGACCGCAACCAAAAA‑AAACAAACGCTGCATGATTATTTTCCCTT‑TGAAGCCCGGGGCTTAAAAA‑CGGGTGA‑GGT‑TTTTTTTAAA‑ACCGAAAACTGGATGGGCCAGGGTTTTCCGGGTTTTTGGTTTTTCC‑CGTTCACCTTCAATTTACCAAC‑CCGGGTGGGCATATTGCCAATATAAACGt > 1:2321300/1‑251 (MQ=255) gCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAAAATGACGGGGAACAAAAG‑AAAAAAGAGGCGCCTGATTATTTTTCTTA‑TTAAG‑CCGGGGGTTTAAAAAAGGGTGG‑GGT‑TTTTTTTAAA‑ACCGCAAcc > 1:4737710/1‑161 (MQ=255) aGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAAcc < 2:1883907/156‑1 (MQ=255) aGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCCCAGGAACCTGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAACGCTGCAAGATTTTTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAAACGGGTGA‑GGT‑ATTTTGTAAA‑ACCGAAAACTGGGTGGGTGAGGGTTGTCCGGGTTTAAGGTCCGTCA‑AGTTCAAATGCCATTGACCATC‑CCGGTTGGGaaattccac > 1:5052037/1‑226 (MQ=255) gCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATgg < 2:4392962/161‑1 (MQ=255) gCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTc < 1:179272/196‑1 (MQ=255) gCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGGTTAAAATTCCCGCCGTAAAATTGCGGGAACCAAAAG‑AAATAAACGCCGCATGAGTATTTTTCTTATTTAAG‑ACGGGGCTGAAAAA‑CGGTTGA‑GGT‑TTTTTTTAAA‑ACCGGAAACTGTATGGTTGAgggt > 2:3179704/1‑167 (MQ=255) aTGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGc < 1:2203965/251‑1 (MQ=255) aTGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGc < 1:4475984/251‑1 (MQ=255) cGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCCACCAAAAG‑AAATAAGCGCCGCATGATTATTTTCCCTA‑TGAAG‑CCGGGGCTTAAAAAACGGGTGA‑GGT‑ATTTTGTTAA‑ACCGCAAACCGGATGGTTGAGGGTTGTTCGGTTTTACCATCTGTTA‑CGTTCCACTGCAATTGGCCATCGGCGGTGGGCAATATC‑ACAACATAAACg > 1:913643/1‑231 (MQ=255) cttcttTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAAAAAGCGCTGCATGATTATTTTTCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGGTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGGCGGGGTTTTTTCGGTTTTTCGa > 1:753677/1‑163 (MQ=255) tcttTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGtt < 1:5965151/146‑1 (MQ=255) gggcggTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGAc < 1:39692/250‑1 (MQ=255) gcggTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGGCCGGTTTTACGATCTGGCA‑CGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCAc < 1:54389/214‑1 (MQ=255) gcggTTAAGCATCCGCTCAGGAACATGGCGGCAACCCAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTTCTTA‑TGTAG‑CTGGGGATTTAAAAAAGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGGAACCTTGACTGGCGAGGGTTGTTCGGTTTTTTGATCTGTCA‑TGTTAAACTGCAATTGATCATC‑GCTGTTGGCCATATCTTCCATATAATCTTTTGTTAc > 2:54343/1‑214 (MQ=255) cggTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCA‑CGTTCAACTGCAATTGACCATC‑GCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGt < 1:4935365/250‑1 (MQ=255) gTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGAt > 1:277893/1‑121 (MQ=255) gTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAG‑AAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTA‑TGAAG‑CTGGGGCTTAAAAATCGGTTGA‑GTT‑ATTTTGTAAA‑CCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGa > 2:1160543/1‑146 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |