| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,825,240 | 0 | A→G | 10.4% | 20.5 ‑41.2 0.0 | 551 | I129T (ATC→ACC) | spy | periplasmic ATP‑independent protein refolding chaperone, stress‑induced |
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (56/1): ref base (206/285): total (265/286) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.22e-18 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Only 100 of 559 total aligned reads displayed.
GTTATCGGCAACTCGGGTGATTTACGTTAGTGGTGATCAGGCTTTTTTTACAACTGTTTGAGAAGAGAAAAG‑AAAACCGCCGATCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCATGTGCGCCAGCATGTTAGCTTTGCGCTGTTCTTCCATTTTTGCGATCTGCGCTTCAGCTTTTACTTTATCGAAGGTATCGCTGGCAATGATGTCATGCATTGCGCGGCGTTCTTCCAGCGGCGGACGTTTCATCTGGTCACGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGG > NC_000913/1824990‑1825490 | tttcacgacAACTGGGGTGATTTATGTTATGGGGGAGCTGTTTTTTTTAACATCTGTTAGAAAAGAAAAAAA‑AAAACCGCCGATCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGa < 2:632836/243‑1 (MQ=255) aactgggttgttttcgtttggtggtgTTCGGGTTTTTTTAAAAATTTTTGGAAAAGAAAAAAA‑AAACCCGCCGATCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTaaa < 1:5234225/231‑1 (MQ=255) cgggggttattggtgTTAGGGGTGAGCGGTTTTTTTTTAAAATTTTTTGAAAAAAAAAAAA‑AAACCCGCCGATCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGAt < 1:5608401/227‑1 (MQ=255) aTTTACGTTAGTGGTGATCAGGCTTTTTTTACAACTGTTTGAGAAGAGAAAAG‑AAAACCGCCGATCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTTGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCCTTTAATTGCTTTTTCTGTTCCGGGGGCCGGGGGTTTTTAATTTTTtt > 1:5919382/1‑248 (MQ=255) tAGTGGTGAGCAGTTTTTTTTTACAATTGTTTGAGAAGAAAAAAA‑AAAACCGCCGATCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCa < 2:2221766/251‑1 (MQ=255) ttacaacttgtgaaaaaaaaaaaaaa‑aaacCCGCCGATCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCATGTGCGCCAGCATGTTAGc < 2:5772278/230‑1 (MQ=255) taacaatgttagaaaaaaaaaaaaa‑aaaaCCGCCGATCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCATGTGCGCCAGCATGTTAGCt < 2:2030425/231‑1 (MQ=255) tttttggaaagaaaaAAGAAAAACCGCCGATCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCATGTGCGCCAGCATGTTAGCTTTgcgc < 1:5092715/243‑1 (MQ=255) gTTTGAGAAGAGAAAAG‑AAAACCGCCGATCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTTGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTTCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTTAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTTAATTTTTTTCTGGGTTTTCCTGTGCGCCCGCCTGTTAGCTTTGCGCtt > 1:478980/1‑250 (MQ=255) aTCCTGTCCACCGCATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCCGCAGTTGCAGGCCTTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAAATAGCATTTAATTTCTTTTTCTTTTCCGGCGGCCGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTTCCTTTGCTCCAGCCTGTTAGCTTTTCGCTGTTCTTCCCTTTTTGCGATCTGCGCtt > 1:132926/1‑250 (MQ=255) 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cATTACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGGGGTTGTAAATTTTGTTCTGGGGTTCCATTTGCGCCAGCATGTTAGCGTTTGGCTGTTTTTCCATTTTTGCGATCTGCGCTTCCACtttttc > 1:5799450/1‑245 (MQ=255) tACTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTAAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGTTGCAGGCATTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCATGTGCGCCAGCATGTTAGCTTTGCGCTGTTCTTCCATTTTTGCGATCTGCGCTTCAGCTTTTACTTTATCg < 1:3922353/251‑1 (MQ=255) aCTGCAAGGTAGTGGACAAGACCGGCGGTCTTTAGTTTTTTGGCTGAAAGATTATTCAGCAGGTGCAGGCCTTTTACCTTTTGCCGCTGGACGTTCTTTCAAACGCCTCTCAAAAATTGCCTTTAATTTCCTTTTTTGGTCCCGCGTCTGGATGTTGGAAATTTTTTTTTGGGTTTCCATGTTCGCCAGCCTGTTAGCTTTGCGCTGTTCTTCCATTTTTGTGATCTGCGCTTCTGCTTTTACTTTTTcta > 1:2626686/1‑249 (MQ=255) 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(MQ=255) cGTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCATGTGCGCCAGCATGTTAGCTTTGCGCTGTTCTTCCATTTTTGCGATCTGCGCTTCAGCTTTTACTTTATCGAAGGTATCGCTGGc < 1:4310231/173‑1 (MQ=255) gTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCATGTGCGCCAGCATGTTAGCTTTGCGCTGTTCTTCCATTTTTGCGATCTGCGCTTCAGCTTTTACTTTATCGAAGGTATCGCTg > 1:4909664/1‑170 (MQ=255) gTTCTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCATGTGCGCCAGCATGTTAGCTTTGCGCTGTTCTTCCATTTTTGCGATCTGCGCTTCAGCTTTTACTTTATCGAAGGTATCGCTg < 2:4908829/170‑1 (MQ=255) cTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCATGTGCGCCAGCATGTTAGCTTTGCGCTGTTCTTCCa > 1:4418665/1‑120 (MQ=255) cTGTCAGACGCTTCTCAAAATTAGCATTAAATTGCTTTTTCTGTTCCGGCGTCAGGATGTTGTAAATTTTGTTCTGGGTTTCCATGTGCGCCAGCATGTTAGCTTTGCGCTGTTCTTCCa < 2:4417898/120‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |