Read alignment evidence... | ||||||||||
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Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.88e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTC‑TGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑G‑CCACTCCCA‑G‑TACAGGCGGGCTACG‑CTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CT‑CGC‑GTTCCGCCG‑CCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGA‑TATCGAGAT‑G‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGA‑GCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTG‑CCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTG > NC_000913/2228036‑2228527 | tttCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTC‑TGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑G‑CCACTCCCA‑G‑TACAGGCGGGCTACG‑CTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CT‑CGC‑GTTCCGCCG‑CCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGA‑TATCgag < 2:1300020/250‑1 (MQ=255) 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tttcatATTGGCCGCAAGCCTGTTTTTCCCCCCGCTGGGGTTC‑G‑CCCCCCCCA‑G‑TACGGGCGGGTTCCC‑CCGCCACCCAGCATTGGGCGGTTTTG‑CT‑CGG‑GTTCCGCCG‑CCCGTGC‑TTTACCCGTACCGAGGGGGGCGGAACCCCCCCCCAGATTTTTCCCCAAGA‑TAACGAGAG‑G‑CCCGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGA‑Gc < 2:140919/246‑1 (MQ=255) ctgcAAGACCGTGTTTACCGCCGCCTGGGTTT‑G‑CCACTCCCA‑G‑TACAGGCGGGCTACG‑CTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CT‑CGC‑GTTCCGCCG‑CCCGTGC‑TTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTc < 1:2486991/145‑1 (MQ=255) ctgcAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑G‑CCACTCCCA‑G‑TACAGGCGGGCTACG‑CTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTT‑CTCCCC‑GTTCCCCCC‑CCCG‑GC‑TTTAACCCGACCCAGGCGGGCCGCAACCTCCCCCCCATTCTTTCCCCCCG‑TATCCAAAT‑T‑CCCGCCCCCCGCTAAACCCAAAGTA‑CCCCTGGTGTA‑CCACGGGCCCGGCGTACCt > 1:2288874/1‑220 (MQ=255) cggcaagccggttttaacccccgccTGGGTTG‑C‑CCCCCCCCA‑G‑ACCGGGGGGGCTCCG‑CGGCCAGCAAGAAATGGGGGGGTTTG‑CC‑CGC‑TTCCCGCCG‑CCCGTGT‑TTTAACCGTCCCCGGGGGGGAAGTACCCCCCGCCCGATTCTTCCCCAAGA‑TACGGAGAT‑G‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTA‑CCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTAcc < 2:3922569/199‑1 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |