| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,899,900 | 0 | T→G | 10.2% | 12.4 ‑43.8 0.0 | 588 | N125T (AAC→ACC) | ygcW | putative SDR family oxidoreductase |
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (60/0): ref base (238/289): total (299/289) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.39e-20 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Only 100 of 598 total aligned reads displayed.
GCGTAATATCTGTTGCATAATAGCCAGGGGCGATACCATTTACCTGAATATTATATTGACCTAGTTCATCACAATAAGCTTTGGTGAACCCGGCAAGAGCATGTTTAGTGGCAGAATATGCAGGTGACCATTGTCCACCTAAGTAAGAGAACAATGAACAGATATTAATAATTTTGCCGCTTTTCTGCGGGATCATAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGTCAGGTTCACATCAATCATCGGATCCCAGTCGGCACGACCGAAGTCCAGCACCTTATTCAGCTTACAAATACCGGCATTGTTAACCAGAATATCAACTGTACCGAAACGCTCACAGCAAGCAGCGATAATCTTCTGCGGCGCGCCTTCTGCGGTGATACCCACCTGCATGAAGTCCACCTCAACACCCTGTTTTTCAATCATTTCCTTTGTTTCGCCGTTATCTTTGACGAAACTAGGAATAAAGATATTTGCG > NC_000913/2899661‑2900148 | gCGTAATATCTGTTGCATAATAGCCAGGGGCGATACCATTTACCTGAATATTATATTGACCTAGTTCATCACAATAAGCTTTGGTGAACCCGGCAAGAGCATGTTTAGTGGCAGAATATGCAGGTGACCATTGTCCACCTAAGTAAGAGAACAATGAACAGATATTAATAATTTTGCCGCTTTTCTGCGGGATCATAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGTCAGGTTCACataaat > 2:929099/1‑250 (MQ=255) 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ccTGAATATTATATTGACCTAGTTCATCACAATAAGCTTTGGTGAACCCGGCAAGAGCATGTTTAGTGGCAGAATATGCAGGTGACCATTGTCCACCTAAGTAAGAGAACAATGAACAGATATTAATAATTTTGCCGCTTTTCTGCGGGATCATAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGTCCGGTTCACATCAATCATCGGATCCCAGTCGGCCCGACCGGAGTCCCGCAccctttt > 2:2715348/1‑245 (MQ=255) atattatattGACCTAGTTCATCACAATAAGCTTTGGTGAACCCGGCAAGAGCATGTTTAGTGGCAGAATATGCAGGTGACCATTGTCCACCTAAGTAAGAGAACAATGAACAGATATTAATAATTTTGCCGCTTTTCTGCGGGATCCTAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGCCACGTTCACATCAATCACCGGATCCCAGTCGGCACGACCGAAAGCCAGCACCTTTTTCAGCtt > 1:2575747/1‑251 (MQ=255) atattatattGACCTAGTTCATCACAATAAGCTTTGGTGAACCCGGCAAGAGCATGTTTAGTGGCAGAATATGCAGGTGACCATTGTCCACCTAAGTAAGAGAACAATGAACAGATATTAATAATTTTGCCGCTTTTCTGCGGGATCATAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGTCAGGtt > 1:1003973/1‑194 (MQ=255) 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2:4926175/125‑1 (MQ=255) gAACAGATATTAATAATTTTGCCGCTTTTCTGCGGGATCATAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGTCAGGTTCACATCAATCATCGGATCCCAGTCGGCACGACCGAAGTCCAGCACCTTATTCAGCTTACAAATACCGGCATTGTTAACCAGAATATCAAc > 2:2206082/1‑176 (MQ=255) gAACAGATATTAATAATTTTGCCGCTTTTCTGCGGGATCATAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGTCAGGTTCACATCAATCATCGGATCCCAGTCGGCACGACCGAAGTCCAGCACCTTATTCAGCTTACAAATACCGGCATTGTTAACCAGAATATCAAc < 1:2206476/176‑1 (MQ=255) cAGATATTAATAATTTTGCCGCTTTTCTGCGGGATCATAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGTCAGGTTCACATCAATCATCGGATCCCAGTCGGCa > 1:815394/1‑111 (MQ=255) gATATTAATAATTTTGCCGCTTTTCTGCGGGATCATAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGTCAGGTTCACatc < 1:3063990/87‑1 (MQ=255) atatTAATAATTTGGCCGCGTGTCTGCGGGATCATAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGTCAGGTTCACATCAATCATCGGATCCCAGTCGGCACGACCGAAGTCCAGCACCTTATTCAGCTTACAAATACCGGCATTGTTAACCAGAATATCAACTGTACCGAAACGCTCACAGCAAGCAGCGATAATCTTCTGCGGCGCGCCTTCTGCGGTGATACCCACCTGCATGAAg < 1:1371985/246‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTTCACATCAATCATCGGATCCCAGTCGGCACGACCGAAGTCCAGCACCTTATTCAGCTTACAAATAc > 2:5460378/1‑69 (MQ=255) ggTTCACATCAATCATCGGATCCCAGTCGGCACGACCGAAGTCCAGCACCTTATTCAGCTTACAAATACCGGCATTGTTAACCAGAATATCAACTGTACCGAAACGCTCACAGCAAGCAGCGATAATCTTCTGCGGCGCGCCTTCTGCGGTGATACCCAcc < 2:1535856/161‑1 (MQ=255) ggTTCACATCAATCATCGGATCCCAGTCGGCACGACCGAAGTCCAGCACCTTATTCAGCTTACAAATACCGGCATTGTTAACCAGAATATCAACTGTACCGAAACGCTCACAGCAAGCAGCGATAATCTTCTGCGGCGCGCCTTCTGCGGTGATACCCACCTGCATGAAGTCCAcc < 1:850965/176‑1 (MQ=255) | GCGTAATATCTGTTGCATAATAGCCAGGGGCGATACCATTTACCTGAATATTATATTGACCTAGTTCATCACAATAAGCTTTGGTGAACCCGGCAAGAGCATGTTTAGTGGCAGAATATGCAGGTGACCATTGTCCACCTAAGTAAGAGAACAATGAACAGATATTAATAATTTTGCCGCTTTTCTGCGGGATCATAATTTTTGCAGCTTCATAGCTTAACTCGAATGCGGCGGTCAGGTTCACATCAATCATCGGATCCCAGTCGGCACGACCGAAGTCCAGCACCTTATTCAGCTTACAAATACCGGCATTGTTAACCAGAATATCAACTGTACCGAAACGCTCACAGCAAGCAGCGATAATCTTCTGCGGCGCGCCTTCTGCGGTGATACCCACCTGCATGAAGTCCACCTCAACACCCTGTTTTTCAATCATTTCCTTTGTTTCGCCGTTATCTTTGACGAAACTAGGAATAAAGATATTTGCG > NC_000913/2899661‑2900148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |