Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_000913 | 3,274,911 | 0 | A→T | 12.1% | 29.8 ‑50.7 0.0 | 495 | intergenic (‑4/‑371) | garP/garD | putative (D)‑galactarate transporter/D‑galactarate dehydrogenase |
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (60/0): ref base (170/265): total (230/265) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.37e-23 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 522 total aligned reads displayed.
CCAAACTTATCAAGCAGCCAGCCGCCGGGGATTTGCATCAGCAAGTAGGCCCAGCCAAAAGCGGAGAAGATGTAACCCATCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCACTGCAATCCCTGAAAT > NC_000913/3274666‑3275156 | cATCAGCAAGTAGGCCCAGCCAAAAGCGGAGAAGATGTAACCCATCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATgggg < 2:4055272/251‑1 (MQ=255) 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CCAAACTTATCAAGCAGCCAGCCGCCGGGGATTTGCATCAGCAAGTAGGCCCAGCCAAAAGCGGAGAAGATGTAACCCATCGAAACCGCACTTAACTGCAACTCTTTTGCCACTTCGGTACCAGCAATAGACAGCGTTGCACGATCGGCGTAGTTAACGGCGGTAACAATAAAAATAATCAGTAATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCACTGCAATCCCTGAAAT > NC_000913/3274666‑3275156 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |