Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,221,330 | 1 | .→A | 0.8% | 0.8 0.0 ‑0.0 | 261 | coding (1158/2187 nt) | arpA | ankyrin repeat protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (124/135): total (125/136) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CATAACATGGTATAAAACATGGCTGGACGTTCTATTTTTGGCACTCAGGAATTTATACACTTGTTCGTTATCTAAATGATGTGTTGCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCATATCCTGTTTCTGACAATGAATTGAAAATAGTCTCAACGATATCCGCATTACCATAATTTATAGCCAAATAT‑AAACCTGGCAGGTTAATACTATTATAGGCAGTCAACATTTCTGTTCTATGTAGTTCTGGCATTTTCTGGAGTTGAATCATCAGTTGCGTAAGTTGGTGATTCTGACCAATTGCCATTAGCAAATTCATCGTTGCAGGTGATAATGGAGGGGTTATTTCATCCACAGATCCTTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTT > NC_000913/4221030‑4221629 | aCATGGTATAAAACATGGCTGGACGTTCTATTTTTGGCACTCAGGAATTTATACACTTGTTCGTTATCTAAATGATGTGTTGCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACATCATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCATATCCTGTTTCTGACACTGAATTGAAACTAGTCTCAACGATATCCGCATTACCATAATTTCTAGCCAAATAT‑aaaa > 1:852656/1‑300 (MQ=255) aCATGGTATAAAACATGGCTGGACGTTCTATTTTTGGCACTCAGGAATTTATACACTTGTTCGTTATCTAAATGATGTGTTGCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGACTATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCCTATCCTGTTTCTGACAATGAATTGAAACTCGTCTCAACGATATCCGCATTACCATAATTTATAGCAAAATCT‑aac > 1:551351/1‑299 (MQ=255) gTATAAAACATGGCTGGCCGTTCTATTTTTGGCACTCAGGAATTTATACACTTGATTGTTATCTAATTGATGTGTTTCGGCAAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGCTATCGCTAAAAAACATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCATTCACATCCTGTTTCTGACAATGAATTGCAAATTGTCTCAACGATATCAGCATTACCATATTTTATATCAAAATTT‑AAACCTgg > 1:713349/1‑300 (MQ=255) gTATAAAACATGGCTGGACGTTCTATTTTTGGCACTCAGGAATTTATCCACTTGTTCGTTATCTAAATGATGTGTTGCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCCGAATCTGCATGAGCTTTTTTTTCGAAATTACTCCTTCATATCCTGTTTCTGACAATGAATTGAAACTCGTCTCAACGATATCCGCATTACCATAATTTATAGCCCAATGT‑CAAcacttt > 2:984908/1‑296 (MQ=255) 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aaaCATGGCTGGACGTTCTATTTTTGGCACTCAGGAATTTATACACTTGTTCGTTATCTAAATGATGTGTTGCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAGTCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCATCTCCTGTTTCTGACAGTGAATTGAAACTAGTCTCACCGATATCCTCCTTACCATAATTTATAGCCAAATCT‑AACCCTGGCAGTtt > 1:1068322/1‑301 (MQ=255) tGGCTGGTCGTTCTATTTTTGGCACTCAGGAATTTATACACTTGTTCGTTATATAAAGTATGTGTTTCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCATAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCATATCCTGTTTCTGACAATGAATTGAAAATAGTCTCAACGATATCCGCATTACCATAATTTATAGCCAAATAT‑AAACCTGGCAGGTTAATAc < 2:1320060/301‑1 (MQ=255) tGGCTGGACTTTCTATGTTTGGCACTCAGGAATTTATACACTTGTTCGTTATCTAAATGATGTGTTGCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCATATCCTGTTTCTGACAATGAATTGAAAATAGTCTCAACGATATCCGCATTACCATAATTTATAGCCAAATAT‑AAACCTGGCAGGTTAATAc < 1:461189/301‑1 (MQ=255) 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ttttGGCACTCAGGAATTTATACACTTGTTCGTTATCTAAATGATGTGTTGCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCATATCCTGTTTCTGACAATGAATTGAAAATAGTCTCAACGATATCCGCATTACCATAATTTATCGCCAAATAT‑AAACCTGGACGGTTAATACTATTATAGTCAGTCaa > 1:763459/1‑301 (MQ=255) cacgtaGGAATGTAGACACGTGGTCGTTATCTAAAGGATGTGTGGCGGCCAGTGTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTGTTCGAGAGTAATCCTGCATATCCTGTTTCTGACAATGAATTGAAAATAGTCTCAACGATATCCGCATTACCATAAGTTATAGCCAAATAT‑AAACCTGGCAGGTTAATACTATTATAGGCAGTCAACATTTc < 2:678689/296‑1 (MQ=255) cTCAGGAATTTATACACTTGTTCGTTATCTAAATGATGTGTTGCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCCTATCCTGTTTCTGACAATGAATTGAAAATAGTCTCCACGATATCCGCATTACCATAATTTATAGCCAAATAT‑AAACCTGGCAGGTTAATACTATTATCGGCAGTCCACCTTTCtt > 2:647402/1‑300 (MQ=255) ggAATTTATACACTTGTTCGTTATCTAGATGATGTGTTGCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGATACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCGTTTGCCTACAGACTATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCCTATCCTTTTTCTGACAATGAATTGAAAATCGTCTCAGCGATATCCGCATTACCATCATTTATAGCACAATGT‑AAACCTAGCAGGTTAATCCtcttactttctcttctacacatctccta > 2:861862/1‑278 (MQ=255) gacagttATACACTTGTTCGGTATCTAAATTATGTGTTGCGGCCAGTTTAGGTAAGGCGGTCAGAATCGAGGTTAAAACAATTTTATCCTTACGTGATATCGCTAATAATAATCCAGAAATGCCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCATACCCTGTTTCTGACAATGAATTGAAAATAGTCTCAACGATATCCGCATTACCATAATTTATAGCCAAATAT‑AAACCTGGCAGGTTAATACTATTATAGGCAGTCAACATTTCTGTTc < 1:1079155/295‑1 (MQ=255) gAATTTATACACTTGTTCGTTATCTAAATGATGTGTTGCGTCCAGTTTAGGTAAGGCGTTCAGAATCGAGGTTACAACATTTTTATCCTTACGTGATATCGCTAAAAATAATCCAGAAAAACCATTTTTATCTTTTGCCTCCAGAATATGCATGAGATTTTTTTTCGAGAGTAATCCTTCATATCCTGTTTCTGACAATGAATTGAAAATAGTCTCAACGATATCCGCATTACCATAATTTATAGCCAAATAT‑AAACCTGGCAGGTTAATACTATTATAGGCAGTCAACATTTCTGTTc < 2:698836/299‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |