| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,811,594 | 1 | .→C | 1.0% | 1.3 0.0 ‑0.2 | 199 | coding (661/1392 nt) | ydjN | putative transporter |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (91/106): total (92/107) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.72e-01 | ||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
GGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAG > NC_000913/1811296‑1811888 | gtgtGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACa > 2:325167/1‑301 (MQ=255) tggCTGGTAACCAAACGGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACaaa < 1:862867/299‑1 (MQ=255) tcTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACAAAGc < 2:241646/300‑1 (MQ=255) ggTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGTTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACAAAGCTgg > 1:983208/1‑301 (MQ=255) aCCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGCTGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGTGATGaa > 1:1135680/1‑301 (MQ=255) ccTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGTGATGaaa > 2:676878/1‑301 (MQ=255) ccTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGTGATGaaa > 2:1071448/1‑301 (MQ=255) tggttggAAGGCGGAAGGTATGGGTCAGGGTGTGGCAGAAACTGAAGGTCTGAACGCCATGGAAAGTAACTATGTGGGTAAAGTCGCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCCGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGACAATCCGACGTTAATTATCAGTGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGtt < 1:721493/301‑1 (MQ=255) gCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCa > 2:408750/1‑301 (MQ=255) gCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGGGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGt < 1:941510/278‑1 (MQ=255) 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aCGCGTCTTAGCCGCGATCGATA‑CCCTACAAAGCTTGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATc < 1:921657/301‑1 (MQ=255) gttCTTTGGCGCGATCGATA‑CCCGACACAGCTTGGTGATGAAACTGTTTCTCCGGGTCATGGAGTTGACCACTTACGGCGTTCTGGATCTAATGACCAAATGGGTTGCAGGTTCTAACTTTCAAGACATCATCAAACTGGGTAGTTTCGTTGTCGTGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTGGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATccc < 1:666641/298‑1 (MQ=255) cTTAGCCGTTATCGATA‑ACCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTg < 1:1047711/301‑1 (MQ=255) cTATCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGa < 2:251172/301‑1 (MQ=255) cTATCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGa < 2:1135730/301‑1 (MQ=255) aTCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTATGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTACAAGACATAATCAAACTGGGAAGTTTAGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATTGCCTTCTGCTGTGCATTAATGGCGTGACTCCGCTTAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTCCCTTTAACAGCCTTTCCAATGCTGAGTCAATCCCAATGaaatcggaag > 1:887231/1‑293 (MQ=255) | GGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATA‑CCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGACGTTTGCCTTTACCAGCCGTTCCAGTGCTGCGTCTATCCCACTGAATGTGGAAG > NC_000913/1811296‑1811888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |