| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,042,699 | 1 | .→T | 1.0% | 1.6 0.0 ‑0.3 | 194 | coding (285/987 nt) | srkA | Cpx stress response Thr/Ser protein kinase; MazF antagonist protein |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (107/85): total (108/86) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.20e-01 | ||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCTGGTAAATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTGAATCATCAGGGATTTTATTTCGCTGTTTTTCCAAGCGTCGGTGGTCGCCAGTTCGAAGCTGATAATATCGATCAGATGGAAGCGGTTGGGCGTTATTTAGGGCGTATGCACCAGACGGGGCGCAAACAGCTTTTTATCCATCGCCCGACCATCGGTTTGAACGAATATCTC‑ATTGAGCCACGCAAGCTGTTTGAGGACGCTACACTGATACCTTCCGGGTTGAAAGCGGCATTCCTGAAAGCGACAGATGAGCTGATTGCCGCCGTTACAGCACACTGGCGGGAAGATTTCACCGTT > NC_000913/4042402‑4042999 tCCTGATGTTGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACCCTACACCCGTATACCATCATGGACGCTCTTTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCTGGTAAATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTg < 2:419885/301‑1 (MQ=255)tCCGGATTATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCTGGTAAATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTg < 1:846445/301‑1 (MQ=255)cccGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGGGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCTGGTAAATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTg < 2:192063/300‑1 (MQ=255) gatgatGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTCCACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGTATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCTGGTATATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTGAat < 2:593063/300‑1 (MQ=255) ggATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACAACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCATGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCGGGTAAATGAGTAAGTTCCGGTCGCCGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTGTATTGACACCTCAggg > 2:634581/1‑301 (MQ=255) gATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCTGGTAAATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTGAATCATCAgggg > 1:385659/1‑300 (MQ=255) aTGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCCATTTGCGTTGCAGCTGGTAAATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTGAATCATCAGGGAt > 1:722117/1‑301 (MQ=255) 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ctctGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAAATTTGTCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCTGGTAAATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTGAATCATCAGGGATTTTATTTCGCTGTTTTTCCAAGCGTCGGTGGTCGCCAGTTCGAAGCTGATAatat < 1:618010/301‑1 (MQ=255) tccttttggccATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGAGCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCTGGTAAATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTGAATCATCAGGGATTTTATTTCGCTGGTTTTCCAAGCGTCGGTGGTCGCCAGTTCGAAGCTGATAATATc < 2:269120/291‑1 (MQ=255) ttGTTTGCGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTCACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGGCTATGAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTAGCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCTGGTAAATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTGAATCATCAGGGATTTTATTTCGCTGTTTTTCCAAGCGTCGGTGGTCGCCAGTTCGAAGCTGATAATATCg < 2:129053/300‑1 (MQ=255) 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ttATTGAATCATCAGGGATTTTATTTCGCTGTTTTTCCTATCGTCTTTGGTCGCCAGTTCGAAGCTGATAATATCTTTCTTTTTGTCGCGGTTGGGCGTTCTTTCGGTCTTTTTCACCAGACGGGCCGCATAACGCTTTTTATCCATCGCACGACCATCTGTTTTTACTATTCTCTC‑ATTGTGCCACTGAAGCTGTTTGAGGACGCTACCATGATACCTTCCGGGTTGAAAGCGGCATTGCTGAAAGCGGTAGATGAGCTGATTGCCGCCGTTACCGccgatgtctcttatacaactctta > 2:416242/1‑278 (MQ=255) ttATTGAATCATCAGGGATTTTATTTCGCTGTTTTTCCAAGCGTCGGTGATCGCCAGTTCGAAGCTGATAATATCTATCAAATGGAAGCGGTTGGGAGTTATTTAGGGCGTATGCACCAGACGCGCCGCAAACAGCTTTTTATCCATCGCCCGACCATCGGTTTGAACGAATATCTC‑CTTGAGCCACGCAACGTTTTTGAGGAAGCTCCACTGATACCTTCCGTGTTTAACGCGTGCTTCCTTAACTCTACCGCTGACCTGATTGCCCCCGTTACAGCacacgttcgggacacttacacga > 2:546193/1‑282 (MQ=255) ttAGTGAATCATCAGGGATTTTATTTCGCTGTTTTTCCAAGCTTCGGTGGTCGCCAGTTCGAAGCTGATAATATCGATCAGATGGAAGCGGTTGGGCGTTATGTAGGGCGTATGCACCAGACGGGGCGCAAACAGCTTTTTATCCATCGCCCGACCATCGGTTTGAACGAATATCTC‑ATTGAGCCACGCAAGCTGTTTGAGGACGCTACACTGATACCTTACGGGTTGAAAGAGGAATTCATGAAAGCGACAGATGAGCTGATTGCCGCCGTTACAGcaa < 1:416249/280‑2 (MQ=255) TCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTGCGTTGCAGCTGGTAAATGATGAAGTTCCGGTCGCAGCACCTGTGGCCTTTAACGGTCAGACTTTATTGAATCATCAGGGATTTTATTTCGCTGTTTTTCCAAGCGTCGGTGGTCGCCAGTTCGAAGCTGATAATATCGATCAGATGGAAGCGGTTGGGCGTTATTTAGGGCGTATGCACCAGACGGGGCGCAAACAGCTTTTTATCCATCGCCCGACCATCGGTTTGAACGAATATCTC‑ATTGAGCCACGCAAGCTGTTTGAGGACGCTACACTGATACCTTCCGGGTTGAAAGCGGCATTCCTGAAAGCGACAGATGAGCTGATTGCCGCCGTTACAGCACACTGGCGGGAAGATTTCACCGTT > NC_000913/4042402‑4042999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |