Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,104,342 | 1 | .→A | 0.9% | 1.5 0.0 ‑0.4 | 231 | coding (168/1119 nt) | wbbK | lipopolysaccharide biosynthesis protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (117/112): total (118/113) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.21e-01 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GAATTGTTGAACAAACACTGCAGTATTTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGATAACTTTCTTTTAACTCTTTAGCAGAATGGACTAATGCGATAAAACTGACATTTTCTTTATTATTAGTTGCTGCCAAAAATTTTTTCAAAATGGTAAATGGACCGCCA‑GTGGTAAAATTGACCGCAGAAACAACGACTATGCTTTTTCCCATAATTTGGTCTCATGATTGTATTTCTTTATGATTTTTGCTGGTACTCCCGCAATGACAGTATTTTCGGGAATAGAACCTCTAACAACAGAATTGGCGCCGACTACGACTCCATTACCAATAATTGTTCCAGGC > NC_000913/2104045‑2104641 gAATTGTTGAACAAACACTGCAGTATTTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGCAACTCAATAaaa > 1:426725/1‑300 (MQ=255) tatgAACAAACACTGCATTATTTTTTATAATTGTTATTTTATATATCAGAACGTATAGCAATTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCAATAAGTATATCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGTTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGAAGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCATCTCTTTTGCAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGCAACTCAATGAATTTAAc < 1:554015/299‑1 (MQ=255) tgAACAAACAATGAAGGATTTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGGATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAAccc < 2:22745/301‑1 (MQ=255) aacaCTGCAGTATGTTTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCAGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTAAAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGAt < 2:84995/301‑1 (MQ=255) aacaCTGAAGTATTTTTTTTAAGGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCAGTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGAt < 2:1478575/301‑1 (MQ=255) aaatttaatatAAGCCCGAAAAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAAATTCACTGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGTTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGATAACTTTCTTTTAACTCTTTAGCAGAAt < 1:1515624/294‑1 (MQ=255) ttatATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGACAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTATCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCAATGGATCACTTTCTTTTAACTCTTTATCAGAAtctt > 2:1515683/1‑298 (MQ=255) 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ccATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGATAACTTTCTTTTAACTCTTTAGCAGAATGGACTAATGCGATAACACTGACATTTTCTTTCTTATTAGTTGCTGCCaa > 1:143924/1‑301 (MQ=255) gAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCACAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGTTAACTTTCTTTTAACTCTTTATCAGAATGTACTCATTCGTTAAAACTTACATTTTCTTTATTATTATTTGCTGCCAAAAAttt > 2:1339853/1‑301 (MQ=255) aTTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGATAACTTTCTTTTAACTCTTTAGCAGAATGGACt < 2:310646/249‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |