| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (116/133): total (117/134) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.09e-01 | ||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CTCCCGGACATCATCGCCATTTTTGTATTTGAATACCGTTTCAAGATGTTCTCCAGACAGCTTGACTTCAGGAAATAATTTGAAATCAAAGCCTATATTATTATGTGTCAACGTAGATGAACAAAAAATGGAAAAAGCTTGCAGTGCTGAATTATAGCTATCGATTTTATCTTGAGGCTGAGCTCTTGGTAAAAACTTATAGCAACACTCATAAAAATTAAACAGAAGCTCTGAAGACCTTGTATTTTTATCAAATAATACCCCCTTGAACTCATTCACAAACGCATCTTTTTTTTCTTGAATATCTATGGGGTGTTCCTTTGACTCTGACAAAGATGAAATCTCATCTATTTTGTTTTCATATGAATTACGTGATTCCATACAGACATTTGGCGGCGTTTCTAAAATAACACTACGCGTACTACTTGGCTTAAGTAAACCAACATGAAAATCACTTTTTCTTATATTATCGAAAAGGTTCTATTCATTTCTTTTAGCGCATTCAAAAAACTGATCGGCATTATTTTTATTCGATAATTTTTTAGTTTCAGAAAACACATTTTCATTGTTTTCCAG > NC_000913/2784049‑2784624 tatcGCCATTTTTTTAGTTGAATACCCTTTCAAGATTTTCTCAAGACAGCTTGACTTCAGGAAATAATATGAAATCAAAGCCTAGATTATTAGGTGTTAACGTAAATGAACAAAAAATGGAAAAAGCTTGCAGTGCTGAATTATAGCTATCAATATTATCTTGAGGCTGAGCTCTTAGTAAAAACTTATAGCAACACTCATAAAAATTAAACAGAAGCTCTGAAGACCTTGTATTTTTATCAAATAATACCCCCTTGAACTCATTCACAAACGCATCTTTTTTTTCTTGAATATATATggg < 1:455393/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |