Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,190,246 | 1 | .→A | 0.9% | 3.2 ‑0.5 ‑0.3 | 336 | coding (366/750 nt) | yqiH | putative periplasmic pilin chaperone |
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/2): ref base (175/158): total (176/160) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.07e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.47e-01 |
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
GGTGCCATCATCCCGGATCGTACCCGTATCATAATGAATGAGTCAGATAAAGGCGAAGCATTAAAACTTACTAATCAAAGTAAAAAC‑CTGCCCTATCTGGCCCAAACATGGATAGAAGATACGAAAGGCAATAAATCGCGTGACTTTATT‑GTCACTGTTCCTCCAATGGTGCGTTTAAATC‑CCAGTGAGCAAATTCAAATAAGAATGATAACTCAGGAAAAAATTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATA‑AAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTGGCGGCCAAAAGCCATTGAATTAGAAGACGATGGGGTAATGACTTACGAAAAAGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGTTTAAAAATGTTCCGTCAACTTTTCAGGTGGGTTATATCAATG > NC_000913/3189953‑3190544 tggtccAACAGCCCGAATCTGACCCGTATCAAAATGAATGAGTCAGATAAAGGCGAAGCATTAAAACTTACTAATCAAAGTAAAAAC‑CTGCCCTATCTGGCCCAAACATTGATAGAATATACGAAAGGCAATAAATCGCGTGACTTTATT‑GTCACTGTTCCTCCAATGGTGCGTTTAAATC‑CCAGTGAGCAAATTCAAATAAGAATGATAACTCAGGAAAAAATTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATa‑aaaaa < 1:279822/296‑1 (MQ=255) 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cccgtctCGTACCCGTATCATAATGAATGAGTCAGATAAAGGCGAAGCATTAAACCTTACTAATCACAGTAAAAAC‑CTGCCCTATCTGGCCCAAACATGGATAGAAGATACGAACGGCAATAAATCGCGTGACTTTATT‑GTCACTGTTCCTCCAATGGTGCTTTTAAATC‑CCAGTGAGCAAATTCAAATAAGAATGATACCTCAGGAAAAAATTGCTCAACTTCCTAAAGCCAGAGAAACGCTCTTCTATTTTCACGTGCGCAAAATACCTCCCACAACACAAACAAAAAAATTTGATCCa > 1:148198/7‑301 (MQ=255) gatactaaccGTATCATAATGAATGAGTCAGATAAAGGCGAAGAATTAAAACTTAATAATCAAAGTAAAAAC‑CTGCCCTATCTGGCACAAAAATGGATAGAAGATACGAAAGGCAATAAATCGCGTGACGTTATT‑GTCACTGTTCCTCCAATGGTGCGTTTAAATC‑CCAGTGAGCAAATTCAAATAAGAATGATAACTCAGGAAAAAATTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATA‑AAAAAAATGTGATGCAAGTc < 2:830231/292‑1 (MQ=255) gATCGTACCCGTATCATAATGAATGAGTCAGATAAAGGCGAAGCATTAAAACTTACTAATCAAAGTAAAAAC‑CTGCCCTATCTGGCCCAAACATGGATAGAAGATACGAAAGGCAATAAATCGCGTGACTTTATT‑GTCACTGTTCCTACAATGGTGCGTTTAAATC‑CCAGTGAGCAAATTCAAATAAGAATGATAACTCAGTAAAAAATTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTCCGAGAAATACCGCCCACAAAAGATA‑ACAAAAATGTGATGCAAgca > 2:1398164/1‑298 (MQ=255) gATCGTACCCGTATCATAATGAATGAGTCAGATAAAGGCGAAGCATTAAAACTTACTAATCAAAGTAAAAAC‑CTGCCCTATCTGGCCCAAACATGGATAGAAGATACGAAAGGCAATAAATCGCGTCACTTTATT‑GTCACTGTTCCTCCACTGGTGCGTTTAAATC‑CCAGTGAGCAAATTCAAATACGAATGATACCTCAGGCAACAATTGCTCAACTTCCTCAAGCCAGAGACCCGCTCTTCTATTTTCACGTGCGAGAAATACCGCCCACAACAGCTA‑AAAAAAATGTGCTACAAGTCa > 2:365619/1‑301 (MQ=255) gATCGTACCCGTATCATAATGAATGAGTCAGATAAAGGCGAAGCATTAAAACTTACTAATCAAAGTAAAAAC‑CTGCCCTATCTGGACCAAACATGGATAGAAGATACGAAAGGCAATAAATCGAGTGACTTTATT‑GTCACTGTTCATCCAATGGTGAGTTTAAATC‑CCAGTGAGCAAATTCAAATAATAAGGATAACTACAGAAAAAATTGCTCAACTTCCTAAATACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACTTGCGACAACTAACGCCCAAAACAAATA‑AAAAAAATATGATGCAAGTCa > 1:1514535/1‑301 (MQ=255) tatgaaaccGTATCAAAAGGAAGGAGTCACAAAAAGGCGAAGAATTAAAACCTACTAAGCAAAGGAAAAAC‑CTTGCCTATCCGGCCCAAACATGGTGAGACGAGACGAAATGAAATAAATCGCCTGAACGTATT‑GTCACTGTTCCTCCAATGGTGCGTTTAAATC‑CCAGTGAGCGAATTCAAATAAGAATGATAACTCAGGAAAAAATTGCTCAACTTCCCAAAGACAGAGAAACGCTCCTCTAGTTTAACGTGCGAGAAATACCGCGCAAAACGGATA‑AAAAAAATGTGATGCAAGTCAc < 1:1115235/294‑1 (MQ=255) 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gCCCAAAACAGATA‑AAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTGGCGGCCAAAAGCCATTGAATTAGAAGACGATGGGGTAATGACTTACGAAAAAGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGTTTAAAAATGTTCGGTCAACTTTTCAGGTGGGt > 2:18908/1‑301 (MQ=255) aaCAAATA‑AAAAAAATGTGAAGCAAGTCAATAAGCAGCACGCATTGAAATTATTCTGGGTGCAAAAAGCCATTGAATTAGAAGAAGATGGGGTAATGACTTACGAAAAAGTTGAAATCAGTCGTAGAAATGACGGTGCGATACGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGTTTAAAAATGTTCCGTCAACTTTTCAGGTGGGTTATATc < 1:850766/301‑1 (MQ=255) GGTGCCATCATCCCGGATCGTACCCGTATCATAATGAATGAGTCAGATAAAGGCGAAGCATTAAAACTTACTAATCAAAGTAAAAAC‑CTGCCCTATCTGGCCCAAACATGGATAGAAGATACGAAAGGCAATAAATCGCGTGACTTTATT‑GTCACTGTTCCTCCAATGGTGCGTTTAAATC‑CCAGTGAGCAAATTCAAATAAGAATGATAACTCAGGAAAAAATTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATA‑AAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTGGCGGCCAAAAGCCATTGAATTAGAAGACGATGGGGTAATGACTTACGAAAAAGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGTTTAAAAATGTTCCGTCAACTTTTCAGGTGGGTTATATCAATG > NC_000913/3189953‑3190544 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |