Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 859 | G→T | 7.5% | A175S (GCG→TCG) | thrA → | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 1 |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_000913 | 859 | 0 | G→T | 7.5% | 2.3 ‑5.9 0.0 | 159 | A175S (GCG→TCG) | thrA | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (17/2): ref base (75/63): total (94/65) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.87e-03 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
ACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCCGGGGTTCCCGCTGGCGCAATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAGCATCAACGCTGCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACA‑TGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATA‑CCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGG‑CGCTAAAGTTCTTC‑ACCCCCGCACCATTACCCCCATCGCC > NC_000913/562‑1158 | aCGGGCCTCCCGCCCGCCCAGCCGTGGTTCCCGCTGGCGCAATGGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACAGGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAGCATCAACGCTGCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCgg < 2:494998/301‑1 (MQ=255) 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gTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACA‑TGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGAATACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGCCGGACGTTGAGGGGGTCTCTA‑CCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATCCGGGGTTTTTGACGTCACTGTCCTACCAGGACGCGATGCGGCTTTCCTCCTTCGG‑CGCTCAGGTTCTTC‑ACCCCCCCCCCATACccccc > 2:1099593/1‑299 (MQ=255) gCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCAAA‑AGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCCGTTTACGCGCCGATTGTTGCGCGATTTGGACGGACGTTGCAGGGGTCTATC‑CCTGCGACCCGCGTACGGTTACCGATGCGACGTTGTTGAAGTCAATGTCCTCCCAGGAAGCGATCGAGCTTTCCTCCTTCGGACGC‑AACGTTATTC‑ACACCCGGCCACTTCCCCCCATCGcc > 2:458420/1‑300 (MQ=255) | ACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCCGGGGTTCCCGCTGGCGCAATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAGCATCAACGCTGCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACA‑TGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATA‑CCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGG‑CGCTAAAGTTCTTC‑ACCCCCGCACCATTACCCCCATCGCC > NC_000913/562‑1158 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |