| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 323,369 | G→A | 57.9% | V344V (GTG→GTA) | ykgF → | ferridoxin‑like LutB family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
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| * | NC_000913 | 323,369 | 0 | G→A | 57.9% | 123.7 ‑0.8 ‑1.0 | 124 | V344V (GTG→GTA) | ykgF | ferridoxin‑like LutB family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (35/34): ref base (29/20): total (70/54) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.54e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.09e-01 | ||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CCCCCACGTTTGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTC‑ATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGA‑TTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAATTTGGCG > NC_000913/323071‑323661 | cccccACGTTTGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCAGGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGCCCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTGCTGAGGTGCTGGCCTCTGACTTTCGGGATTTGCTGCGCTGTATTCGATGCGGGGCTTTTCTGTATCCTTGTACGGCTTATCGCCATTTTGGGGGTA‑CTGGATCTGTCTATTTTTTTCCAGTGCCCATTGGTGTGGTGAt > 1:908429/1‑301 (MQ=255) ccACGTTTGCCGGGGTTGATGTCTGTAACAACATGCTGGCGCTCAGGTGCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGGTAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTC‑ATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTtc < 2:1349063/301‑1 (MQ=255) cGTTTGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTCTTCGCTGCGGGGCTTGTATGATTACTTGTACGGGATCGCGCCATCTTGGCGTTG‑ATGACGTGGGCGTTATTTTTCCAGGCGCAATTGGTGCGATTAttattc > 1:453111/1‑296 (MQ=255) gcggggTAAATGGATGGATCACCAGGCGGGGGCGCATGGCCGTTGTGGCACGTTGGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGAGCGCGCGAAGGTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCATCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTC‑ATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTAc < 1:1050234/296‑1 (MQ=255) 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gggCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGA‑TTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCCAATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGTCGGCAAAACACCACTCa > 2:1210347/1‑301 (MQ=255) cAATTGGGTCGGTGATTTCTCCGCGACTTGGCGGCTATAAATAGTTGAAAGA‑GTTACCCTACGCCTTCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGATGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCACCGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAAtt < 2:1461364/301‑1 (MQ=255) ttGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGA‑TTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAACATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGCTGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAATTTgg > 2:1183801/1‑301 (MQ=255) ggTGCGGTGATTTCTCCGCTACGTGGCGGATATAAAGATTTTAAAGA‑TTGACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGc < 1:1199888/203‑1 (MQ=255) gTGCGTTAATTTCTCCGCGAATTGGCTGCTAAAAAGATTTTAAAGA‑TTTACCCTACGCCTTCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTTGCCGGTTCGTACTCCTCTGTCAAAACTGATTTTGTGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGAAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAATTTGgcg < 1:361516/300‑1 (MQ=255) | CCCCCACGTTTGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTC‑ATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGA‑TTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAATTTGGCG > NC_000913/323071‑323661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |