Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,810,153 | Δ1 bp | 100% | coding (537/738 nt) | ygaZ → | putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,810,150 | 0 | T | . | 85.6% | 543.1 / 88.7 | 180 | coding (534/738 nt) | ygaZ | putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/9); new base . (87/67); total (103/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TGCTGCACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGTTTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACC > NC_000913/2809850‑2810445 | tggtgcACTGACAGTCATGGCAAGGGATGTTCGCCATGGGTTGGAAGGCCCGTCACGGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCGGTGGGCGTTGGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGt < 1:202381/298‑1 (MQ=255) gctgcACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGCATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGTAGCTGCATTAGGtt > 2:319280/1‑301 (MQ=255) gACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCAAAAACTGCCCTGTGGGCGTTTGGACTAACGGATGAGGTTTTTGATGCCGCAACCGAAAAACTGGTACGCAATACTCCCCGCTGGAGCGATACATGGATGATCGGCATT‑GCCTTCACTTCATGGTCATCGTGGGTCTTTCGTACGGT‑AATATGGGCATCCTCCTGCAGCGGCTTTCTGCAAGGTTATCCTGCCTTTTAGGCTGCATTAGGtttttccttt > 1:857451/1‑295 (MQ=255) ggCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGCACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATT‑GGGTTTATGCTTCCGGCAct > 2:1046894/1‑299 (MQ=255) cAATGGATGTTCGCCAGGGGTGGTATGGCCGGTCACTGCGTAGCCGTATTATGCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTGGGCCTGACGGATGAGGTTGTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCtt < 2:1152283/300‑1 (MQ=255) aTGTTGGCCAGGTGGTGTAGGGCCCGGCACGGCGTAGCCGTATTAGTCAGCGGCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGAAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAg < 1:722097/300‑1 (MQ=255) aTGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCTGCACTGCGTAGCAGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAg < 2:1406029/300‑1 (MQ=255) 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tCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGCGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTCGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCATGCTCGCCTCTTTCCAGCGCaa > 2:728764/1‑301 (MQ=255) gCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATACTCTCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCCAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCACACAAt > 2:148541/1‑301 (MQ=255) tAGCCGTATTATTCAGGGTGTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAAtctc < 1:944428/301‑1 (MQ=255) cggattattCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTGTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTg < 1:277102/298‑1 (MQ=255) gTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCACCCGCAAACCTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGGTGATCGGGATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AAGAGGGGCATTCTCCGGCAGAGGCTTGCTGCAAGGTTATCCAGCCGTTGAATCTCGACTAGG‑TTTATGCTTCCCGACATCTTGTTGAGTTTCAGGCTCGCTGCTTTctaccaaccacactctatttgg > 1:40886/1‑280 (MQ=255) gTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCACACAATCTCtttt > 2:647596/1‑299 (MQ=255) 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gAAGCTGCAGTAGG‑TTGAGGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCGCGCCTCTGTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCGATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgcc < 2:242808/300‑1 (MQ=255) aaGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGAAAACAATCTCTTTCCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTTTCTGTGGCTGCCTCACTGCATTCATCAAGGCATCCTGACAAGGAGCACCGGGTCAGCTATGAGCTTCTCCTGCTTGGTTTACTATTTAATGTTGCGACTTATTTATTCCTCCATTTGCTCCTGGTCTTGCGTTTGGGTGTTgcctt > 2:1332378/1‑299 (MQ=255) gCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCCGGCATTGTCTGTGGc > 1:36803/1‑158 (MQ=255) gCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCCGGCATTCTCTGTGGCTGCCTCACTTCGTTAATCCCGGCATTCTGGCCAGGGTCGCCCGCTGAGCGCTGAGGTTCAGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGTGGCGACTTATTGCTTCCCCTTTTTGCTGTTGCGCCTTGGTTGTGGTCTTGCCCGCccaa > 1:1038491/1‑301 (MQ=255) gCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGc < 2:36804/158‑1 (MQ=255) gCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCGATGAGGTTCTGCTTCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTGGCCGCTGCGCATGCGTGTGGTTAATGCCCGCccaa > 2:1037416/1‑301 (MQ=255) | TGCTGCACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATT‑GCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGT‑AATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGTTTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACC > NC_000913/2809850‑2810445 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |