| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,239,245:1 | (G)5→6 | 100% | coding (1612/2097 nt) | yjbH → | DUF940 family extracellular polysaccharide protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,239,240 | 1 | . | G | 72.5% | 419.7 / 164.8 | 171 | coding (1607/2097 nt) | yjbH | DUF940 family extracellular polysaccharide protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (19/28); new base G (71/53); total (90/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CTTTTACATGTATCAGCTGGGCGTGATGGGAACGGCAGATTTGTGGCTGACGGACCATCTGCTGACCACCGGCAGCCTGTTTGCAAATCTTGCCAACAACTACGACAAGTTTAACTACACTAATCCTCCGCAGGACTCGCACTTACCGCGCGTGCGTACCCATGTGCGCGAGTATGTGCAGAACGATGTCTATGTGAATAACCTGCAAGCCAACTACTTCCAGCATCTGGGCAACGGCTTCTACGGTCAGGTCTACGGTGGTTATCTCGAAACCATGTTTGGCGGT‑G‑C‑G‑G‑GGG‑CAGAA‑GTGTTGTATCGCCCGCTGGACAGCAACTGGGCGTTTGGTCTGGATGCCAACTACGTTAAACAGCGCGACTGGCGTAGTGCAAAAGATATGATGAAATTCACCGACTACAGCGTGAAAACCGGACATCTGACCGCCTACTGGACGCCATCTTTCGCTCAGGATGTGTTAGTTAAAGCCAGCGTCGGGCAGTATCTGGCAGGGGATAAAGGCGGCACGCTGGAGATCGCCAAACGCTTTGATAGCGGCGTGGTGGTGGGTGGCTATGCCACGATCACTAATGTTTCGAA > NC_000913/4238953‑4239537 | cTTTTACATGTATCAGCTGGGCGTGATGGGAACGGCAGATTTGTGGCTGACGGACCATCTGCTGACCACCGGCAGCCTGTTTGCAAATCTTGCCAACAACTACGACAAGTTTAACTACACTAATCCTCCGCAGGCCTCGCACTTACCGCGCGTGCGTACCCATGTGCGCGAGTATGTGCAGAACGATGTCTATGTGAATAACCTGCAATCCAACTACTTCCAGCATCTGGGCCACGGCTTCTCCGTTCAGGTCTCCGGTGGTTCGCTCGAAACCATGTTTGGGTGT‑G‑C‑g‑g‑ggggccgaaag > 1:1024748/1‑293 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ttGGGGGT‑G‑CGG‑G‑GGG‑CAGAA‑GTGTTGTATCGCCCGCGGGACAGCAACTGGGCGTTTGGTCTGGATGCCAACTACGTTAAACAGCGCGACTGGCGTAGTGCAAAAGATATGATGAAATGCACCGACTACAGCGTGAAAACCGGACATCTGACCGCCTACTGGACGCCATCTTTCGCTCAGGATGTGTTAGTTAAAGCCAGCGTCGGGCAGTATCTGGCAGGGGATAAAGGCGGCACGCTGGAGATCGCCAAACGCTTTGATAGCGGCGTGGTGGTGGGTGGCTATGCCACGATCACTAATg < 1:598537/301‑1 (MQ=255) ttGGGGGG‑G‑G‑G‑G‑GGG‑CAGAA‑GGTTTGTATCGCCCGCTGGACAGCAACTGGGCGTTTGGTCTGGATGCCAACTACGTTAAACAGCGCGACTGGCGTAGTGCAAAAGATATGATGAAATTCACCGACTACAGCGTGAAAACCGGACATCTGACCGCCTACTGGACGCCATCTTTCGCTCAGGATGTGTTAGTTAAAGCCAGCGTCGGGCAGTATCTGGCAGGGGATAAAGGCGGCACGCTGGAGATCGCCAAACGCTTTGATAGCGGCGTGGTGGTGGGTGGCTATGCCACGATCACTAATGt < 1:636452/301‑1 (MQ=255) ttGGCGGT‑G‑C‑GTG‑GTG‑CAGAA‑GGTTTGTATCGCGCGCTGTACAGCAACTGGGCGTTTGGTCTGGAAGCCAAATACGTTAAACAGCGCGACTGGCGTAGTGCAAAAGATATGATGAAATTCACCTACTACAGCGTGAGAACCGGACAGCTGACCGCCTACTGGACGCCATCTTTCACTCAGGATGTGTTAGTTAAAGCCAGCGTCGGGCAGTATCTGGCAGGGGATAAAGGCGGCACGCTGGAGATCGCCAAACGCTTTGATAGCGGCGTGGTGGTGGGTGGCTATGCCACGATCACTAATg < 1:1113022/301‑1 (MQ=255) ttGGCGGG‑G‑CGG‑G‑GGG‑CAGAA‑GTGTTGTATCGCCCGCTGGACAGCAACTGGGCGTTTGGTCTGGATGCCAACTACGTTAAACAGCGCGACTGGCGTAGTGCAAAAGATATGATGAAATTCACCGACTACAGCGTGAAAACCGGACATCTGACCGCCTACTGGACGCCATCTTTCGCTCAGGATGTGTTAGTTAAAGCCAGCGTCGGGCAGTATCTGGCAGGGGATAAAGGCGGCACGCTGGAGATCGCCAAACGCTTTGATAGCGGCGTGGTGGTGGGTGGCTATGCCACGATCACTAATg < 2:188530/301‑1 (MQ=255) gtGGCGGG‑G‑C‑G‑G‑GGG‑AAGAATGTGTGGCA‑CGGCCGGTGGGAGGCAACTGGGCGTTTGGGTTGGATGCCAACTACGTTAAACAGCGCGACTGGCGTAGTGCAAAAGATATGATGAAATTCACCGACTACAGCGTGAAAACCGGACAGCTGACCGCCTACTGGACGCCATCTTTCGCTCAGGATGTGTTAGTTAAAGCCAGCGTCGGGCAGTAGCTGGCAGGGGATAAAGGCGGCACGCTGGAGATCGCCAAACGCTTTGATAGCGGCGTGGTGGTGGGTGGCTATGCCACGATCACTAATg < 2:1384380/299‑1 (MQ=255) tGGCGGTGG‑G‑G‑G‑GGG‑CAGAA‑GGGTTGTATCGCCCGCTGGACAGCAACTTGGCGTTTGGTCTGGATGCCAACTACGTTAAACAGCGCGACTGGCGTAGTGCAAAAGATATGATGAAATTCACCGACTACAGCGTGAAAACCGGACATCGGACCGCCTACTGGACGCCATCTTTCGCTCAGGATGTGTTAGTTAAAGCCAGCGTCGGGCAGTATCTGGCAGGGGATAAAGGCGGCACGCTGGAGATCGCCAAACGCTTTGATAGCGGCGTGGTGGTGGGTGGCTATGCCACGATCACTAATGt < 2:1120445/301‑1 (MQ=255) | CTTTTACATGTATCAGCTGGGCGTGATGGGAACGGCAGATTTGTGGCTGACGGACCATCTGCTGACCACCGGCAGCCTGTTTGCAAATCTTGCCAACAACTACGACAAGTTTAACTACACTAATCCTCCGCAGGACTCGCACTTACCGCGCGTGCGTACCCATGTGCGCGAGTATGTGCAGAACGATGTCTATGTGAATAACCTGCAAGCCAACTACTTCCAGCATCTGGGCAACGGCTTCTACGGTCAGGTCTACGGTGGTTATCTCGAAACCATGTTTGGCGGT‑G‑C‑G‑G‑GGG‑CAGAA‑GTGTTGTATCGCCCGCTGGACAGCAACTGGGCGTTTGGTCTGGATGCCAACTACGTTAAACAGCGCGACTGGCGTAGTGCAAAAGATATGATGAAATTCACCGACTACAGCGTGAAAACCGGACATCTGACCGCCTACTGGACGCCATCTTTCGCTCAGGATGTGTTAGTTAAAGCCAGCGTCGGGCAGTATCTGGCAGGGGATAAAGGCGGCACGCTGGAGATCGCCAAACGCTTTGATAGCGGCGTGGTGGTGGGTGGCTATGCCACGATCACTAATGTTTCGAA > NC_000913/4238953‑4239537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |