| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,296,382:1 | +C | 100% | intergenic (+588/+54) | gltP → / ← yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,296,380 | 1 | . | C | 95.8% | 378.1 / 9.2 | 143 | intergenic (+586/+56) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/3); new base C (71/64); total (76/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑A‑‑C‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTTGGCGT > NC_000913/4296132‑4296671 | ttGTAGGTGCGTTTAGGTGTTTGTGCTCCACACGACAACAACGCCGGGTGCGGGGGTTGCCGCGGCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGAAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGc < 1:662286/301‑1 (MQ=11) catgATCAGGGGTGTATGCCGCATCCGACAGGAACGCCTGCTGCGAGTCGTGCCGCGTCGTATCACGCCTACGCCAGAAAGCGCAATAGCGTGATTTAGCGTGAATTTGTAGGGCGGATAAGGCGTTTACGCCGCACCCGACATCAACGCCTGAGGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGCCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCt < 2:494177/297‑1 (MQ=11) gATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACACCTGCTGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCCATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGTATAAGGCGTTTATGCCGCAGCCGACATCACCGCCTGATTCGACGCTTCACGCTTCTTATCAGGCCTACGCCAGCAATAT‑‑CAATCGCCTGCTTTAGCGTAATTTTGTAGGTCGGATCAGGCGTT‑TC‑AC‑C‑‑CGCA‑TCCGCCCCCCATA‑CCTGATGCTCCCCTTTCCGAGCCTTACCCTGCCTACCTTaca > 1:820625/1‑299 (MQ=11) aagagggctcgacgCCGCATGCCACCTCAATGTCTGACGCCACGCTCGCCGTGTATTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGTCATAGCCTGATTTAGTGTGATTTTGTAGGTCGTATAATGCGTTTATGCCGCCTCCGACATCCACGCCTGATGCGCCGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTAAGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc < 2:713033/288‑1 (MQ=11) tAAGGCGTGTACCCCCCAACTGACATCAAGCCCTGATGCTCCGCTTGCCGCGGTTTAGCAGGCCACGGGCAGAAATGGAAATTGCCTCATGTAGCGTGATTTTGTGGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCg < 1:1216954/301‑1 (MQ=11) aaaGGCGGTTACGACGCATGCGGCAACAAGGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCg < 2:10194/300‑1 (MQ=11) tttATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGAGACGCTTAAAGCGTCTTAACAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGAGGTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTCGCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATGTGGTAGGACGGATAAAGCGTTAG‑‑AG‑C‑‑CGCA‑TCCGACAGCAATG‑CATGATGAACCGATTGCCGCGTCTTATAAGGACTAGCTGAATCGTTGGtga > 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aTGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACAGCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATATCCTGATTTCGCGTGATTTTGTAGGTCGGATACGGCGTT‑TCCG‑‑C‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTTGCGCGTCTTAACCGGCCTATCTTAATCGTAGGTTACTTTTTCAAACTCTTCCCAccagctag > 1:388613/1‑294 (MQ=11) aCGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCGGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAAc < 2:158724/300‑1 (MQ=255) aCGCTTGCCGCGTCCTATCAGGCGCACGCCAGACAGAGAAATAGCATGATTTAGCGTGGTGTGGTAGGGCTGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATAAACGCCTGATGCGACGCTTAACGAGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGTCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTG‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑TCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAAc < 2:1204377/300‑1 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(MQ=255) tttGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCACACCCTTCCATCCAGCTCAGGTTCCACCAGTGCATCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATACAACCTTCTTCCCCGTTTCAGAACATCCTTCCCGCCCAGTCCTCGGACTCCCCGTTTCTGGAACTTTCCGCGCTTCTTTTTAACTACCATTTTGCCTTGTCCTCCTCTTCCTTactt > 1:906766/1‑298 (MQ=25) ttgggaGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAAGG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATg < 2:475143/296‑1 (MQ=255) cGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCCGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAACACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGCATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTTAAATACCCGGTTTCCTTGTCATCGTCTGCCTTCATTCCCACGcc > 2:96472/1‑300 (MQ=39) gATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTACTTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTCAGAACATCCTTCCCGCCCATTCCTCGGATTAACCGGTTCGGGCCATTTCAGAGCTGCGTTTGCACTCCAAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAGTGCCCCCGCCGtt > 1:92649/1‑301 (MQ=255) gATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTCTCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCCACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTATCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTGAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAAGACCCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGATATACCCAGTTGCATTGTCATCCTCGGCCTTAATGCCCACGCCGtt > 2:250376/1‑301 (MQ=255) gATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGa < 1:656719/220‑1 (MQ=255) 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TTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑A‑‑C‑‑CGCA‑TCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTTGGCGT > NC_000913/4296132‑4296671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |