| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 2911492 = | 145 (0.980) | coding (2160/2235 nt) | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAG‑CACTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGA‑CCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTCTCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGTAATGAAG > NC_000913/2911214‑2911783 | taattTTCCATCCCACAGGTCAATCTTCCCTTCATCATCAATATTTAGCTTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAG‑CACTTGCAGGTTGTAAATCTCAATgg < 2:423838/301‑1 (MQ=255) 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cACGGGCCCCAG‑CATGTGCAGGTTGTAAAGCTCAATGGGCATGTCGAGGGTGGCCAGTTGCGGGTTGGGGCCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCAGTAGCTACCACGCGGA‑CCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTCTCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGt < 1:629553/300‑1 (MQ=255) ccccAG‑CACTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGA‑CCACCAGCGAATATCCTGCGGAGTACCTCTCACCCCATACCGCGTCACCAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCCCCATTCGTTCGCCATCGGGCCGGGTTAATACAATCACTCGCCCCTGGGTAATGaca > 2:1204750/1‑299 (MQ=255) cacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTaacaac > 1:236331‑M2/4‑130 (MQ=255) | TAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAG‑CACTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGA‑CCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTCTCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGTAATGAAG > NC_000913/2911214‑2911783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |