| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,119,481 | T→C | 5.2% | intergenic (‑369/+116) | sslE ← / ← glcA | putative secreted and surface‑associated lipoprotein mucinase/glycolate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,119,481 | 0 | T | C | 5.2% | 322.3 / 5.3 | 97 | intergenic (‑369/+116) | sslE/glcA | putative secreted and surface‑associated lipoprotein mucinase/glycolate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/37); new base C (2/3); total (56/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
CTCCATTCTTAAGAAAACGACATCATTGATAGAAAACAGGTGAAATTTATAAGAATAACCCCTATACGATGTCTATCTGGCTATTTTTACGAAATTTCAACAAACAAAAAATTAACAACATTTCACAACGTAACTATATAAATTTGTTGGTAGTTTTAACGATTAAGATTGCAAAAGCAACAGATAGAACGGTGTTTGCTCATCAAGCGAACATAATTAATACAGACTTGTTTTGCGTGATAAAAAAATAGATGTTCTCACGCTCTTAATTATTTAGCAGGTTATCTGAACGCAAAACATTATTGCTGCATGGATAATAAAGCGAGAAATGATTTTCAATTAATAAGACAGAATAATGTAAATGAAGCCGGATGATATTAACGATCATCCGGCTTTATTGATTTACGAGACTAACATCCCGGTAAACACATACGCCTGCAGCAGGGTGATAATGCCGATAACGCTGGCAAAAATCAGACTGTGCTTCACGGTGTAGCGGAACAGTTCAGATTCTCGGCCCACCATGCCCGTCGCGGCGCAGGCCACGGCGATAGATTGCGGGGAGATCAT > NC_000913/3119195‑3119764 | ctccATTCATAAGAAAACGAAATCATTGATAGAAAACAGGTGAAATTTATAAGAATAACCCCTATACGATGTCTATCTGGCTAGTTTTACGAAATTTCAACAAAAAAAAAAGTAACAACATTTCACAACGTAACTATATAAATGTGTTGGTAGTTTTAACGATTAAGATTGCAAAAGCAACAGATAGAACGGTGTTTGCGCATAAAGCGAACATAATTAATACAGACTTGTTTTGCGTGATAAAAAAATAGATGTTCTCACGCTCTTAATTATTTAGCAGGTTATCTGAACGCAAAACatt < 2:765756/301‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |