Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,016,542 | A→T | 5.2% | M38L (ATG→TTG) | udp → | uridine phosphorylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,016,542 | 0 | A | T | 5.2% | 512.5 / 2.0 | 181 | M38L (ATG→TTG) | udp | uridine phosphorylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/82); new base T (7/5); total (91/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTGATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTACGCTTGCCATCGTCCCTGGCGACCCGGATCGTGTGGAAAAGATCGCCGCGCTGATGGATAAGCCGGTTAAGCTGGCATCTCACCGCGAATTCACTACCTGGCGTGCAGAGCTGGA‑TGGTAAACCTGTTATCGTCTGCTCTACCGGTATCGGCGGCCCGTCTACCTCTATTGCTGTTGAAGAGCTGGCACAGCTGGGCATTCGCACCTTCCTGCGTATCGGTACAACGGGCGCTATTCAGCCGCATATTAATGTGGGTGATGTCCTGGTTACCACGGCGTCTGTCCGTCTGGATGGCGCGAGCCTGCACTTCGCACCGCTGGAATTCCCGGCTGTCGCTGATTTCGAATGTA > NC_000913/4016251‑4016839 | tCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTGATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTTAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTACGCTTGCCATCGTCCCTGGCGACCCGGATCGTGTGGAAAAGATAGCCGCCCTGTTGGATAGCCCgg > 1:1096378/1‑301 (MQ=255) 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cTGATGGATAAGCCGGTTAAGCTGGCATCTCACCGCGAATTCACTACCTGGCGTGCAGAGCTGGA‑TGGTAAACCTGTTATCGTCTGCTCTACCGGTATCGGCGGCCCGTCTACCTCTATTGCTGTTGAAGAGCTGGCACAGCTGGGCATTCGCACCTTCCTGCGTATCGGTACAACGGGCGCTATTCAGCCGCATATTAATGTGGGTGATGTCCTGGTTACCACGGCGTCTGTCCGTCTGGATGGCGCGAGCCTGCCCTTCGCACCGCTGGAATTCCCGGCTGTCGCTGATTTCGAATGTa > 2:1374716/1‑301 (MQ=255) cTGATGGATAAGCCGGTTAAGCTGGCATCTCACCGCGAATTCACTACCTGGCGTGCAGAGCTGGA‑TGGTAAACCTGTTATCGTCTGCTCTACCGGTATCGGCGGCCCGTCTACCTCTATTGCTGTTGAAGAGCTGGCACAGCTGGGCATTCGCACCTTCCTGCGTATCGGTACAACGGGCGCTATTCAGCCGCATATTAATGTGGGTGATGTCCTGGTTACCACGGCGTCTGTCCGTCTGGATGGCGCGAGCCTGCACTTCGCACCGCTGGAATTCCCGGCTTTCGCt > 2:1430744/1‑288 (MQ=255) | TCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTGATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTACGCTTGCCATCGTCCCTGGCGACCCGGATCGTGTGGAAAAGATCGCCGCGCTGATGGATAAGCCGGTTAAGCTGGCATCTCACCGCGAATTCACTACCTGGCGTGCAGAGCTGGA‑TGGTAAACCTGTTATCGTCTGCTCTACCGGTATCGGCGGCCCGTCTACCTCTATTGCTGTTGAAGAGCTGGCACAGCTGGGCATTCGCACCTTCCTGCGTATCGGTACAACGGGCGCTATTCAGCCGCATATTAATGTGGGTGATGTCCTGGTTACCACGGCGTCTGTCCGTCTGGATGGCGCGAGCCTGCACTTCGCACCGCTGGAATTCCCGGCTGTCGCTGATTTCGAATGTA > NC_000913/4016251‑4016839 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |