| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,311,197 | 0 | G | T | 21.1% | 269.2 / 14.0 | 129 | E37* (GAA→TAA) | tonB | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/72); new base T (26/1); total (55/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ACGTTATTTGAAAGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGC‑TATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGG‑CGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCT‑GCGC‑AGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACG‑CCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGT‑GGTAG‑AGCCAGAA‑CCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCG‑CGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGACATCAAGTA > NC_000913/1310900‑1311497 | aCGTTATTTGAAAGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGC‑TATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGG‑CGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAAc < 1:531369/301‑1 (MQ=255) 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1:523563/1‑300 (MQ=255) ttccgatcggAACTACGGGCGCCT‑GCGA‑ATGCGATGTTTGTCACGATGGTTGCG‑CCTGCTGATCTCGATCCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCGCCGGAGACAGT‑GGTAG‑AGCCAGAA‑CCGGAACCTGAGCCGAGCCCCGAACCGCCAAAAGACGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAGCCTAAGCCAAATCCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGGGCATCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCG‑CGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGa < 2:317453/292‑1 (MQ=255) gTTATTGAACTACCTGCGCCT‑GCGC‑AGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACG‑CCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGT‑GGTAG‑AGCCAGAA‑CCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCG‑CGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCAAGCCTGaa > 2:453786/1‑298 (MQ=255) gTTATTAAACTACCTGCGCCT‑GCGC‑AGCCCATTTCTGTAACAAGGGTTACG‑CCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGT‑GGTAG‑AGCCAGAA‑CCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCG‑CGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGACa < 1:1522921/300‑1 (MQ=255) tATTGAACTACCGCCGCCG‑CCGC‑GGCCGATTTCGGTCCCGCTGGTGACG‑CCTGCGGATCTCGAACGGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGGGCCGGT‑GGTAG‑AGCCAGAA‑CCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCG‑CGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGACATCa < 1:1249568/301‑1 (MQ=255) tttGACCTAGCGGCGCCT‑‑CGCGAGCCGATTGCTGTAAAGATGGTTACG‑CCGGCAGGCCTCGACCCGCCGCAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGGGCCGGT‑GGTAG‑AGCCAGAA‑CGGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGCGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCG‑CGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGACATCaa < 1:12343/300‑1 (MQ=255) ttGAACTACCTGCGCCT‑GCGC‑AGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACG‑CCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGT‑GGTAG‑AGCCAGAA‑CCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCACAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCG‑CGTCCGGCCTCACCGATTGAACATACTGCACCGGCTCGCCTGACATCaca > 1:1554163/1‑299 (MQ=255) gAACTACCTGCGCAT‑GCGC‑AGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACG‑CCTGCTGATCTTGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGACACCGGAGCCGGT‑GGTAG‑AGCCAGAA‑CCGGCACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCACACAGAAGCACCGGTGGTCACTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCCAAACCAAAACGGATGCCGGAGAGAAAGGTACAGAAAGAGCCAAAACGAGATGCCAAACCCGTAGAGTCG‑CGTCCGGAAGCACCGGTTGCAAATACTGAACCGTGACGCTAGACaatcggaa > 1:317109/1‑294 (MQ=255) | ACGTTATTTGAAAGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGC‑TATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGG‑CGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCT‑GCGC‑AGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACG‑CCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGT‑GGTAG‑AGCCAGAA‑CCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCG‑CGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGACATCAAGTA > NC_000913/1310900‑1311497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |