| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 281,708 | T→C | G92G (GGA→GGG) | yagA ← | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 281,708 | 0 | T | C | 99.3% | 469.4 / NA | 138 | G92G (GGA→GGG) | yagA | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (67/70); minor base A (0/1); total (67/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCTGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGAACGGATGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTAATGACATGGTATCTCTCGCATCCCAGGGCATAAGCGACTCCATAAACGGGTTCTTATGCCTTAG > NC_000913/281410‑282004 | ccAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGcccc < 2:24761/301‑1 (MQ=255) 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gcTTAATCTTGCGGGCCCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCTGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGAACGGATGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTAATGACGTGGTATCTCTCGCCTCCCAGGGCATAAGCGACTCCAGCAACGGGtt > 1:1356829/1‑301 (MQ=255) gcTTAATCTGTCGGGCCCCCCAGCGGTAATGGCGGGCATGGGCCATCGGCGGCAGGGCCGGGAGGTGGTCAGATGGGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCTGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGAACGGATGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTAATGACATGGTATCTCTCGCATCCCAGGGCATAAGCGACTCCATAAACGGGt < 1:1467130/300‑1 (MQ=255) cTTGCGGGCCCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCTGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGAACGGGTGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTACTGACATGGTTTCTCTCGCCTCCCAGGGCATAAGCGACTCCATAAACGGGTTCTTATg > 1:94126/1‑300 (MQ=255) ttGCGGGCCCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCTGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGAACGGATGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTAATGACATGGTATCTCTCGCATCCCAGGGCATAAGCGACTCCATAAACGGGTTCTTATGcc < 2:1358518/301‑1 (MQ=255) tggCGGGCCCACCGGGGGTCATGACGGGAATGGGCGATACGAAGCAGGGGCGTGAGGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCTGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGAACGGATGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTAATGACATGGTATCTCTCGCATCCCAGGGCATAAGCGACTCCATAAACGGGTTCTTATGcc < 1:1006716/299‑1 (MQ=255) tGCGGGCCCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCTGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGAACGGATGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTAATGACATGGTATCTCTCGCCTCCCAGGGCATAAGCGACTCCATAAACGGGTTCTTATGc > 1:292435/1‑299 (MQ=255) cGGGCCCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCATGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCTGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGAACGGATGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTAATGACATGGTATCTCTCGCATCCCAGGGCATAAGCGACTCCATAAACGGGTTCTTATGCCtt < 2:1056010/300‑1 (MQ=255) gggCCCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCTGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGCACGGATGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTAATGACATGGTATCTCTCGCATCCCAGCGCATAAGCGCCTCCATCAACGGGTTCTTATGCCTTat > 1:641699/1‑300 (MQ=255) gggCCCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCCGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGAACGGATGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTAATGACATGGTATCTCCCGCATCCCAGGGCCTAAGCGACTCCATAAACGGGTTCTTATGCCTTAg > 1:1290197/1‑301 (MQ=255) | CCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCCAGCGTTCATGACGGTCATGGGCCATACGCAGCAGGGCCGTGATGTCGTCAGATGAGCGGTTCGGGGAATGGTGCGGAATGCGCGGGCGGTCCTGAAGACCGGCGGCACCTTCCTGAGCCCAGCGCTGGAGCCACTTGTAGCCGGTGGCAGGTGAAATGCCGAAGCGACGGCAGAGGGAACGGATGTTCGCCCCGTCCTGCGAGGCGAACAAAACAAACTCAGTACGTAATGACATGGTATCTCTCGCATCCCAGGGCATAAGCGACTCCATAAACGGGTTCTTATGCCTTAG > NC_000913/281410‑282004 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |