| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,810,153 | Δ1 bp | coding (537/738 nt) | ygaZ → | putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,810,150 | 0 | T | . | 99.1% | 511.0 / ‑4.1 | 113 | coding (534/738 nt) | ygaZ | putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (56/56); minor base A (0/1); total (56/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTGCACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGTTTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCA > NC_000913/2809852‑2810442 | ctgcACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTTCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGttt < 1:1130441/301‑1 (MQ=255) gcACTGCCCGTCATGGCAATGGATGTTAGCCATGTGTTGTATGGACCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGttta < 2:972747/300‑2 (MQ=255) cACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCCATAATCGCCGCTGGAGCGAGACCTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCACTGTCCTCGCGGGGATTTGGTCCGGTAATAGGGGCATTCTCCGCCCGCGGCTTGCTGCACAGTTATCCCGCCGTTGACGCTTCCTGAGGtttatt > 2:1026036/1‑298 (MQ=255) cgacgcgctcccgatctgCCATGTGTGGTATGGCCCATCACTTCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATGCAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCAc < 2:713564/284‑1 (MQ=255) aTGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCCCCGTTGAAGCCGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCAc > 2:876671/1‑300 (MQ=255) cAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCttt > 1:560374/1‑301 (MQ=255) cAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCttt > 1:330734/1‑301 (MQ=255) cgagcttGTTCGCCATGTGTGGTATGGCCCGTAACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTa < 1:971053/295‑1 (MQ=255) gATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACGGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGa < 1:723673/300‑1 (MQ=255) tGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCCCTCTTTAAGatcg > 2:969854/1‑298 (MQ=255) tagCCATGGTTTGTATGGCCATTCACTAGGTGGCCTGATTATGCAGCGGCGGCAAAAAGCGAAAACCTCCCTGGGGGAGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGGGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCGTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTcc < 2:15772/299‑1 (MQ=255) cATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTg > 2:452473/1‑299 (MQ=255) tATGGCCCGCTACGGCGTAGCCGTATTATTCACGGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGAGGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGGGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCttt < 2:304766/301‑1 (MQ=255) 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catgcttggCCGTATTATGCAGCGTCTGCAAAAAGCGAAACCCGCCCGTGGGGCGTTTGTCCGTACGGATGAGGTTTTAGCCGCCGCAACCGCAAAACGGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGGGAACTGGAGGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAAc < 2:509287/293‑1 (MQ=255) ttattCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGtt > 1:962973/1‑301 (MQ=255) ttCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGGGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTAcc < 1:349610/301‑1 (MQ=255) 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gcAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGACTCATTGCTTCCCCTATTTGCCGCTgcg > 2:214189/1‑300 (MQ=255) ggTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGCCGTGGCGACTTATTGCTTCCGCTTTTTGCCGCTGCGCCTg > 2:212986/1‑300 (MQ=255) ccccGCCGTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGtgtg < 1:138225/300‑1 (MQ=255) ccgccgTTGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTggg < 1:702918/301‑1 (MQ=255) tgTTGCAGCTGCATTAGG‑TTGATGCTTCCTGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTAGTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAAt < 2:835052/300‑1 (MQ=255) tGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGTTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGTTTATGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgc > 1:985121/1‑300 (MQ=255) tGAAGCTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgcc < 1:1109535/301‑1 (MQ=255) cTGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgcccgc < 1:802051/299‑1 (MQ=255) tGCATTAGG‑TTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCcca > 1:1113424/1‑301 (MQ=255) | CTGCACTGACCGTCATGGCAATGGATGTTCGCCATGTGTTGTATGGCCCGTCACTGCGTAGCCGTATTATTCAGCGTCTGCAAAAATCGAAAACCGCCCTGTGGGCGTTTGGCCTGACGGATGAGGTTTTTGCCGCCGCAACCGCAAAACTGGTACGCAATAATCGCCGCTGGAGCGAGAACTGGATGATCGGCATTGCCTTCAGTTCATGGTCATCGTGGGTATTTGGTACGGTAATAGGGGCATTCTCCGGCAGCGGCTTGCTGCAAGGTTATCCCGCCGTTGAAGCTGCATTAGGTTTTATGCTTCCGGCACTCTTTATGAGTTTCCTGCTCGCCTCTTTCCAGCGCAAACAATCTCTTTGCGTTACCGCAGCGTTAGTTGGTGCCCTTGCAGGCGTAACGCTATTTTCTATTCCCGTCGCCATTCTGGCAGGCATTGTCTGTGGCTGCCTCACTGCGTTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCA > NC_000913/2809852‑2810442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |