| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,217,830 | T→C | V168A (GTA→GCA) | ycgG → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,217,830 | 0 | T | C | 99.2% | 419.5 / ‑4.8 | 117 | V168A (GTA→GCA) | ycgG | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (55/61); total (56/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CGAGGAGCAATATCAGCTTGGCACTGAAGCAGCTCTGAAACCTCACCTGCGCACAATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCTGCGCCGCTGCCTTCCTGCTTGATAGATATTTCAATAAAAGCGCAACGCCTGAAGAGATCCTGCGACGGGCAATAAATAATGGGGAGATCGTCCCTTTTTAC > NC_000913/1217534‑1218125 | cGAGGAGCAATATCAGCTTGGCACTGAAGCAGCTCTGAAACCTCACCTGCGCACAATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGCATTa > 1:839883/1‑301 (MQ=255) gaggagCAATATCAGCTTGGCACTGAAGCAGCTCTGAAACCTCACCTGCGCACAATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGCATTa < 2:87780/300‑1 (MQ=255) agCAATATCAGCTTGGCACTGAAGCAGCTCTGAAACCTCACCTGCGCACAATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGCATTAcgcg < 1:1044155/300‑1 (MQ=255) gCAATATCAGCTTGGCACTGAAGCAGCTCTGAAACCTCACCTGCGCACAATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACACTTGAAAGGGGTAAGGTATGCATTACGCGTg > 2:166425/1‑301 (MQ=255) 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ccTTGAAAGGGGTAAGGTATGCATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCTGCGCCGCTGCCTTCCTGCTTGATAGATATTTCAATAAAAGCGAAACGCCTGAAGAGATCCTGCGACGGGCACTAAATAATGGGga > 1:1184119/1‑301 (MQ=255) gAAAGGGGTAAGGTATGCATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCTGCGCCGCTGCCTTCCTGCTTGATAGATATTTCAATAAAAGCGCAACGCCTGAAGAGATCCTGCGACGGGCAATAAATAATGGGGAGAt > 1:1100045/1‑300 (MQ=255) aaGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCTGCGCCTCTGCCTTCCTGCTTGATAGATATTTCAATAAAAGCGCAACGCCTGAAGAGATACTGCGATGGGCAATAAATAATGGGAAGATCGt > 1:516478/1‑301 (MQ=255) 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CGAGGAGCAATATCAGCTTGGCACTGAAGCAGCTCTGAAACCTCACCTGCGCACAATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCTGCGCCGCTGCCTTCCTGCTTGATAGATATTTCAATAAAAGCGCAACGCCTGAAGAGATCCTGCGACGGGCAATAAATAATGGGGAGATCGTCCCTTTTTAC > NC_000913/1217534‑1218125 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |