| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,687,071 | T→C | *113* (TAA→TGA) | glnB ← | regulatory protein P‑II for glutamine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,687,071 | 0 | T | C | 99.2% | 413.8 / NA | 117 | *113* (TAA→TGA) | glnB | regulatory protein P‑II for glutamine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (60/56); minor base A (0/1); total (60/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAGCGAAGCCGATCGCGCTAAAGGTCAGTTTGATAGCGAAGGTCTGATGGATTTGAGCAAACTGGAAGGTGCGTTCAGCGATCCGACAATGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGCTTCATGCAGTTTACCGCGAAACAGTTAGTGGATCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATGACCCGTGCCACGTCAAAGACGAAGATTTTACCGTCACCGATTTTGCCGGTTTGCGCCGTGCGAATAATGGTATCGACACAGGTATCGACAATGTCGTCCGGTACGACAATCTCAATTTTCACTTTCGGCAGAAAATCCACCATATACTCCGCGCCGCGGTACAGCTCGGTATGGCCTTTCTGGCGACCAAAGCCTTTCACTTCGGTCACCGTCATGCCGGTAATACCGACTTCGGCCAGTGCTTCGCGGACATCGT > NC_000913/2686773‑2687368 | gTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAGCGAAGCCGATCGCGCTAAAGGTCAGTTTGATAGCGAAGGTCTGATGGATTTGAGCAAACTGGAAGGTGCGTTCAGCGATCCGACAATGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGCTTCATGCAGTTTACCGCGAAACAGTTAGTGGATCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTCaa > 1:1159589/1‑301 (MQ=255) cACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAGCGAAGCCGATCGCGCTAAAGGTCAGTTTGATAGCGAAGGTCTGATGGATTTGAGCAAACTGGAAGGTGCGTTCAGCGATCCGACAATGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGCTTCATGCAGTTTACCGCGAAACAGTTAGTGGATCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTCAAAt > 2:558429/1‑301 (MQ=255) aCTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAGCGAAGCCGATCGCGCTAAAGGTCAGTTTGATAGCGAAGGTCTGATGGATTTGAGCAAACTGGAAGGTGCGTTCAGCGATCCGACAATGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGATTCATGCAGTTTTCCGCGCACCAGTTAGTGGACCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCATTACGAACTCTTTGGCCCGCATAAGGTCGCGTTATTTGTTGTTGCCGGCTTGCAAAACCTGGACACCCTTTACGCGGTTCAAttt > 2:604696/1‑301 (MQ=255) ggtgtgcgcggtaaagcgcACACCTGGTATCGTCAGCCGAGCGAAGCCGATCGCGCTAAAGGTCAGTTTGATAGCGAAGGTCTGATGGATTTGAGCAAACTGGAAGGTGCGTTCAGCGATCCGACAATGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGCTTCATGCAGTTTACCGCGACACAGTTAGTGGATCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCCTTACGACTGCTTTGGCCCGCATACGGTTCTGGAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTCaaa > 2:1151682/16‑298 (MQ=255) 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GTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAGCGAAGCCGATCGCGCTAAAGGTCAGTTTGATAGCGAAGGTCTGATGGATTTGAGCAAACTGGAAGGTGCGTTCAGCGATCCGACAATGCAGTTCTATCTCTGCGGCCCGGTTGGCTTCATGCAGTTTACCGCGAAACAGTTAGTGGATCTGGGCGTGAAGCAGGAAAACATTCATTACGAATGCTTTGGCCCGCATAAGGTGCTGTAATTTGATGTTGCCGGATGGAAACATCCGGCAACCCTTGACGCGGTTTAAATTGCCGCGTCGTCCTCTTCACCGGTACGGATGCGAATGACCCGTGCCACGTCAAAGACGAAGATTTTACCGTCACCGATTTTGCCGGTTTGCGCCGTGCGAATAATGGTATCGACACAGGTATCGACAATGTCGTCCGGTACGACAATCTCAATTTTCACTTTCGGCAGAAAATCCACCATATACTCCGCGCCGCGGTACAGCTCGGTATGGCCTTTCTGGCGACCAAAGCCTTTCACTTCGGTCACCGTCATGCCGGTAATACCGACTTCGGCCAGTGCTTCGCGGACATCGT > NC_000913/2686773‑2687368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |