| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,288,058 | A→G | T99A (ACC→GCC) | nrfA → | nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,288,058 | 0 | A | G | 99.0% | 313.6 / ‑4.5 | 98 | T99A (ACC→GCC) | nrfA | nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (49/46); total (50/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
GACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGTCAGAGCGTGTTGACGCCCTGGCGGAAGATCCACGGCTGGTGATCCTGTGGGCGGGGTATCCCTTCTCGCGCGATTACAACAAGCCGCGTGGACATGCTTTTGCTGTGACCGATGTGCGTGAAACCCTGCGTACCGGTGCGCCGAAAAACGCTGAAGATGGTCCGCTACCGATGGCATGCTGGAGTTGTAAAAGCCCGGATGTGGCGCGTCTGATCCAGAAAGACGGCGAAGATGGCTACTTCCACGGTAAATGGGCGCGC‑GGCGGTCCGGAAATCGTCAACAACTTAGGTTGTGCCGATTGCCATAACACCGCCTCTCCAGAGTTCGCCAAAGGCAAACCGGAGTTAACCCTTTCCCGTCCGTATGCGGCTCGCGCGATGGAAGCCATTGGTAAACCTTTTGAGA > NC_000913/4287766‑4288355 | gACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGTCAGAGCGTGTTGACGCCCTGGCGGAAGATCCCCGGCTGGTGATCCTGTGGGCGGGGTATCCCTTCTCGCGCGATTCCAACAAGCCGCGTGGACATGCTTTTGCTGTGGCCGAtgtt > 2:1196634/1‑300 (MQ=255) aTAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGTCAGAGCGTGTTGACGCCCTGGCGGAAGATCCACGGCTGGTGATCCTGTGGGCGGGGTATCCCTTCTCGCGCGATTACAACAAGCCGCGTGGACATGCTTTTGCTGTGGCCGATGTGCGTGaa < 1:695139/300‑1 (MQ=255) aaaaTAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGTCAGAGCGTGTTGACGCCCTGGCGGAAGATCCACGGCTGGTGATCCTTTGGGCGGGGTATCCCTTCTCGCGCGATTACAACAAGCCGCGTGGACATGCTTTTGCTGTGGCCGATGTGCGTGAAAcc > 2:863264/1‑300 (MQ=255) aaaaTAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGTCAGAGCGTGTTGACGCCCTGGCGGAAGATCCACGGCTGGTGATCCTGTGGGCGGGGTATCCCTTCTCGCGCGATTACAACAAGCCGCGTGGACATGCGTTTGCTGTGGCCGATGTGCGTGACAcc > 2:1114285/1‑300 (MQ=255) 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cTGTGGCCGATGTGCGTGAAACCCTGCGTACCGGTGCGCCGAAAAACGCTGAAGATGGTCCGCTACCGATGGCATGCTGGAGTTGTAAAAGCCCGGATGTGGCGCGTCTGATCCAGAAAGACGGCGAAGATGGCTACTTCCACGGTAAATGGGCGCGC‑GGCGGTCCGGAAATCGTCAACAACTTAGGTTGTGCCGATTGCCATAACACCGCCTCTCCAGAGTTCGCCAAAGGCAAACCGGAGTTAACCCTTTCCCGTCCGTATGCGGCTCGCGCGATGGAAGCCATTGGTAAACCTTTTga < 1:451646/301‑1 (MQ=255) cTGTGGCCGATGTGCGTGAAACCCTGCGTACCGGTGCGCCGAAAAACGCTGAAGATGGTCCGCTACCGATGGCATGCTGGAGTTGTAAAAGCCCGGATGTGGCGCGTCTGATCCAGAAAGACGGCGAAGATGGCTACTTCCACGGTAAATGGGCGCGC‑GGCGGTCCGGAAATCGTCAACAACTTAGGTTGTGCCGATTGCCATAACACCGCCTCTCCAGAGTTCGCCAAAGGCAAACCGGAGTTAACCCTTTCCCGTCCGTATGCGGCTCGCGCGATGGAAGCCATTGGTAAACCTTTTga < 1:1025079/301‑1 (MQ=255) tgtgGCCGATGTGCGTGAAACCCTGCGTACCGGTGCGCCGAAAAACGCTGAAGATGGTCCGCTACCGATGGCATGCTGGAGTTGTAAAAGCCCGGATGTGGCGCGTCTGATCCAGAAAGACGGCGAAGATGGCTACTTCCACGGTAAATGGGCGCGC‑GGCGGTCCGGAAATCGTCACCAACTTAGGTTGTGCCGATTGCCATAACACCGCCTCTCCAGAGTTCGCCAAAGGCAAACCGGAGTTAACCCTTTCCCGTCCGTATGCGTCTCGCTCGATGGAAGCCATCGGTACACCtttagcg > 2:1069108/1‑297 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |