| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 323,369 | G→A | V344V (GTG→GTA) | ykgF → | ferridoxin‑like LutB family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 323,369 | 0 | G | A | 98.9% | 306.8 / NA | 89 | V344V (GTG→GTA) | ykgF | ferridoxin‑like LutB family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (45/43); minor base C (1/0); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCCCACGTTTGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAATTTGGCGCGATT > NC_000913/323071‑323666 | cccccACGTTTGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATTGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAAt > 2:1158353/1‑301 (MQ=255) ccccACGTTTGCCAGGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAAtt < 1:599080/301‑1 (MQ=255) ccGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTTCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATTTTGGCGGTCATGGATATGGCTCTTTTTATTCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCCCCGCTa > 2:707839/1‑299 (MQ=255) aTGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCTTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCGGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCta < 2:256969/301‑1 (MQ=255) aTGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTggcggc < 1:708636/299‑1 (MQ=255) aTTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaa > 1:561622/1‑301 (MQ=255) tGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGATATTGTCGATAACGGGCGTTCTGTGGTGCTGGCCTCTGCATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGTCCATTGGTTCGGTAATTTCTCCGCTCCTTGGCGGCTAtcaaga > 1:18380/1‑301 (MQ=255) gATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGCTATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtcaagat > 1:621388/1‑301 (MQ=255) gATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagat > 1:1115500/1‑301 (MQ=255) gaccccAGGCTGTAGCGCATTGCAGTTGGTGCACGTTTAAAGGGATACACAACCTGGCGGACAGGGCCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTGGTGTCGATAACGGGCTTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagat < 2:157525/296‑1 (MQ=255) 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cgcgcAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGTCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCCATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTCTAAAGATTTTAAAGATTTAc > 1:660523/1‑300 (MQ=255) cgcgcAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTAc < 1:174273/300‑1 (MQ=255) cAGTGCGGTTGGGGACCGTCTGACGGGAGACAACGCATGGTGGACGGGACGGAGGGAAGCTGGGCACGTTGGTGCTCTTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGATGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTa < 2:155368/300‑1 (MQ=255) cAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTCATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTa > 2:646839/1‑300 (MQ=255) gTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGATTACTTGTCCGGCCTATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGCGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATTAAGATTTTAAAGATTTACCCTACg > 1:767785/1‑300 (MQ=255) ccGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTg < 1:1100377/301‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |