| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,338,117 | (A)8→7 | intergenic (‑188/+137) | adiY ← / ← adiA | adi system transcriptional activator/arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,338,110 | 0 | A | . | 94.4% | 587.9 / 21.7 | 144 | intergenic (‑181/+144) | adiY/adiA | adi system transcriptional activator/arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/7); new base . (67/69); total (68/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CAATTTAATAACGCCATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCGAAGTTTTCACCA > NC_000913/4337811‑4338404 | caATTTAATAACGCCATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCaa > 1:770296/1‑301 (MQ=255) 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atctacaggaaaaaaaaGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCGAAGTTTTc < 2:106570/291‑1 (MQ=255) aaaCAGGAAAAAAAAAG‑TCGGGGAGGGGCCGGGAAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATGTTTATGAAAACGTGGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCGAAGTTTTCAcc < 1:1180374/300‑1 (MQ=255) aCAGGC‑AAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTCATGTCGGCCTGTTTTTATCGCCGAAGTTTTccgat > 1:106446/1‑296 (MQ=255) | CAATTTAATAACGCCATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCGAAGTTTTCACCA > NC_000913/4337811‑4338404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |