| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 176,134 | C→T | T343I (ACC→ATC) | clcA → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 176,134 | 0 | C | T | 97.7% | 433.4 / ‑0.9 | 131 | T343I (ACC→ATC) | clcA | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (58/70); total (60/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TTTCTGATGCGCCGCTTAATACGCTGTGGCTTTATCTGATCCTCGGTATTATTTTTGGCATTTTCGGCCCTATTTTTAATAAATGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTTTTGCCCCGATGCTGGCGCTGGGTACTGTGCTGGGAACCGCTTTCGGAATGGTTGCCGTTGAGCTGTTTCCGCAATATCACCTTGAGGCGGGGACGTTTGCTATTGCCGGAATGGGGGCATTACTGGCGGCATCTATTCGCGCGCCGTTAACGGGGATCATTCTGGTTCTGGAGATGACCGATAACTACCAGCTCATTTTGCCAATGATTATTACCGGTCTTGGCGCAACACTATTAGCGCAATTTACCGGCGGG > NC_000913/175837‑176429 | tttccctacgccacgctcttccgatttgGCTTTATCTGATCTTGGGTATTATTTTTGGCATTTTCGGCCCTATTTTTAATAAATGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTatcac < 1:843384/275‑1 (MQ=255) 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ttCTTCGTCGCGCGGGTCATTATCACCTTCCGCTGCTGCTCTTCCGGCGTGCCGGGCGGTATTTTTGCCCCGATGCTGGCGCTGGGTACTGTGCTGGGAACCGCTTTCGGAATGGTTGCCGTTGAGCTGTTTCCGCAATATCACCTTGAGGCGGGGACGTTTGCTATTGCCGGAATGGGGGCATTACTGGCGGCATCTATTCGCGCGCCGTTAACGGGGATCATTCTGGTTCTGGAGATGACCGATAACTACCAGCTCATTTTGCCAATGATTATTACCGGTCTTGGCGCAACACTATTAg < 1:204564/300‑1 (MQ=255) cATTATCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTTTTGCCCCGATGCTGGCGCTGGGTACTGTGCTGGGAACCGCTTTCGGAATGGTTGCCGTTGAGCTGTTTCCGCAATATCACCTTGAGGCGGGGACGTTTGCTATTGCCGGAATGGGGGCATTACCGGCGGCATCTATTCGCGCGCCGTTAACGGGGATCATTCTGGTTCTGGAGATGACCGATAACTACCAGCTCATTTTGCCAATGCTTATTACCGGTCTTGGCGCAAACCTATTACCGTAAGTTActgtccgg > 2:261522/1‑294 (MQ=255) cATTATCACCGTACGCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTGTTGCCCCGAGGTTGGCGCTGGGTACTGTGCTGGGAACCGCTTTCGGAATGGTTGCCGTTGAGCTGTTTCCGCAATATCACCTTGAGGCGGGGACGTTTGCTATTGCCGGAATGGGGGCATTACTGGCGGCATCTATTCGCGCGCCGTTAACGGGGATCATTCTGGTTCTGGAGATGACCGATAACTACCAGCTCATTTTGCCAATGATTATTACCGGTCTTGGCGCAACACTATTAGCGCAATTTACCGGCggg < 1:677046/301‑1 (MQ=255) | TTTCTGATGCGCCGCTTAATACGCTGTGGCTTTATCTGATCCTCGGTATTATTTTTGGCATTTTCGGCCCTATTTTTAATAAATGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTTTTGCCCCGATGCTGGCGCTGGGTACTGTGCTGGGAACCGCTTTCGGAATGGTTGCCGTTGAGCTGTTTCCGCAATATCACCTTGAGGCGGGGACGTTTGCTATTGCCGGAATGGGGGCATTACTGGCGGCATCTATTCGCGCGCCGTTAACGGGGATCATTCTGGTTCTGGAGATGACCGATAACTACCAGCTCATTTTGCCAATGATTATTACCGGTCTTGGCGCAACACTATTAGCGCAATTTACCGGCGGG > NC_000913/175837‑176429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |