| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,547,814 | A→G | S25G (AGC→GGC) | fimF → | minor component of type 1 fimbriae |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,547,814 | 0 | A | G | 97.0% | 454.3 / 1.5 | 136 | S25G (AGC→GGC) | fimF | minor component of type 1 fimbriae |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base G (66/65); total (69/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CGCTGCCGTTTGGGGCGATGGTGACATCAGAGAGTAGCCAGAGTAGCGGCATTGTTGCGGATAATGGTCAGGTTTACCTCAGCGGAATGCCTTTAGCGGGAAAAGTTCAGGTGAAATGGGGAGAAGAGGAAAATGCTCACTGTGTCGCCAATTATCAACTGCCACCAGAGAGTCAGCAGCAGTTATTAACCCAGCTATCAGCTGAATGTCGTTAAGGGGGCGTGATGAGAAACAAACCTTTTTATCTTCTGTGCGCTTTTTTGTGGCTG‑GCGGTGAGTCACGCTTTGGCTGCGGATAGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGTGTGGCCGCTGAATCAACCAATTTTACTGTTGATCTGATGGAAAACGCGGCGAAGCAATTTAACAACATTGGCGCGACGACTCCTGTTGTTCCATTTCGTATTTTGCTGTCACCCTGTGGTAATGCCGTTTCTGCCGTAAAGGTTGGGTTTACTGGCGTTGCAGATAGCCACAATGCCAACCTGCTTGCACTTGAAAATACGGTGTCAGCGGCTTCGGGACTGGGAATACAGCTTCTGAATGAGCAGCAAAAT > NC_000913/4547518‑4548110 | tGCCGTTTGGGGCGATGGTGACATCAGAGAGTAGCCAGAGTAGCGGCATTGTTGCGGATAATGGTCAGGTTTACCTCAGCGGAATGCCTTTAGCGGGAAAAGTTCAGGTGAAATGGGGAGAAGAGGAAAATGCTCACTGTGTCGCCAATTATCAACTGCCACCAGAGAGTCAGCAGCAGTTATTAACCCAGCTATCAGCTGAATGTCGTTAAGGGGGCGTGATGAGAAACAAACCTTTTTATCTTCTGTGCGCTTTTTTGTGGCTG‑GCGGTGAGTCACGCTTTGGCTGCGGATGGCACGAt < 2:1049590/301‑1 (MQ=255) cGTTTGGGGCGATGGTGACATCAGAGAGTAGCCAGAGTAGCGGCATTGTTGCGGATAATGGTCAGGTTTACCTCAGCGGAATGCCTTTAGCGGGAAAAGTTCAGGTGAAATGGGGAGAAGAGGAAAATGCTCACTGTGTCGCCAATTATCAACTGCCACCAGAGAGTCAGCAGCAGTTATTAACCCAGCTATCAGCTGAATGTCGTTAAGGGGGCGTGATGAGAAACAAACCTTTTTATCTTCTGTGCGCTTTTTTGTGGCTG‑GCGGTGAGTCACGCTTTGGCTGCGGATGGCACGATTAc < 2:291830/301‑1 (MQ=255) ggggCGATGGTGACATCAGAGAGTAGCCAGAGTAGCGGCATTGTTGCGGATAATGGTCAGGTTTACCTCAGCGGAATGCCTTTAGCGGGAAAAGTTCAGGTGAAATGGGGAGAAGAGGAAAATGCTCACTGTGTCGCCAATTATCAACTGCCACCAGAGAGTCAGCAGCAGTTATTAACCCAGCTATCAGCTGAATGTCGTTAAGGGGGCGTGATGAGAAACAAACCTTTTTATCTTCTGTGCGCTTTTTTGTGGCTG‑GCGGTGAGTCACGCTTTGGCTGCGGATGGCACGATTACTATc > 2:1213413/1‑300 (MQ=255) gggCGATGGTGACATCAGAGAGTAGCCAGAGTAGCGGCATTGTTGCGGATAATGGTCAGGTTTACCTCAGCGGAATGCCTTTAGCGGGAAAAGTTCAGGTGAAATGGGGAGAAGAGGAAAATGCTCACTGTGTCGCCAATTATCAACTGCCACCAGAGAGTCAGCAGCAGTTATTAACCCAGCTATCAGCTGAATGTCGTTAAGGGGGCGTGATGAGAAACAAACCTTTTTATCTTCTGTGCGCTTTTTTGTGGCTG‑GCGGTGAGTCACGCTTTGGCTGCGGATGGCACGATTACTATCcg > 2:862640/1‑301 (MQ=255) 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ttgCGGGTAATGGTCAGGTTTACCTCAGCGGAATGCCTTTAGCGGGAAAAGTTCAGGTGAAATGGGGAGAAGAGGAAAATGCTCACTGTGTCGCCAATTATCAACTGCCACCAGAGAGTCAGCAGCAGTTATTAACCCAGCTATCAGCTGAATGTCGTTAAGGGGGCGTGATGAGAAACAAACCTTTTTATCTTCTGTGCGCTTTTTTGTGGCTG‑GCGGTGAGTCACGCTTTGGCTGCGGATGGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGTGTGGCCGCTGAATc < 1:619337/301‑1 (MQ=255) ttgCGGATAATGGTCAGGTTTACCTCAGCGGAATGCCTTTAGCGGGAAAAGTTCAGGTGAAATGGGGAGAAGAGGAAAATGCTCACTGTGTCGCCAATTATCAACTGCCACCAGAGAGTCAACAGCAGTTATTAACCCAGCTATCAGCTGAATGTCGTTAAGGGGGCGTGATGAGAAACAAACCTTTTTATCTTCTGTGCGCTTTTTTGTGGCTG‑GCGGTGAGTCACGCTTTGGCTGCGGATGGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGTGTGGCCGCTGAAt > 1:550629/1‑300 (MQ=255) gCGGATAATGGTCAGGTTTACCTCAGCGGAATGCCTTTAGCGGGAAAAGTTCAGGTGAAATGGGGAGAAGAGGAAAATGCTCACTGTGTCGCCAATTATCAACTGCCACCAGAGAGTCAGCAGCAGTTATTAACCCAGCTATCAGCTGAATGTCGTTAAGGGGGCGTGATGAGAAACAAACCTTTTTATCTTCTGTGCGCTTTTTTGTGGCTG‑GCGGTGAGTCACGCTTTGGCTGCGGATGGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGGGTGGCCGCTGAATCaa > 1:388324/1‑301 (MQ=255) 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cACGCTTTGGCTGCGGATGGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGTGTGGCCGCTGAATCAACCAATTTTACTGTTGATCTGATGGAAAACGCGGCGAAGCAATTTAACAACATTGGCGCGACGACTCCTGTTGTTCCATTTCGTATTTTGCTGTCACCCTGTGGTAATGCCGTTTCTGCCGTAAAGGTTGGGTTTACTGGCGTTGCAGATAGCCACAATGCCAACCTGCTTGCACTTGAAAATACGGTGTCAGCGGCTTCGGGACTGGGAATACAGCTTCTGa < 2:279171/301‑1 (MQ=255) cACGCTTTGGCTGCGGATGGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGTGTGGCCGCTGAATCAACCAATTTTACTGTTGATCTGATGGAAAACGCGGCGAAGCAATTTAACAACATTGGCGCGACGACTCCTGTTGTTCCATTTCGTATTTTGCTGTCACCCTGTGGTAATGCCGTTTCTGCCGTAAAGGTTGGGTTTACTGGCGTTGCAGATAGCCACAATGCCAACCTGCCTGCACTTGAAAATACGGTGTCAGCGGCTTCGGGACTGGGAATACAGCTTCTgg > 2:1079504/1‑300 (MQ=255) gCTTTGGCTGCGGATGGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGTGTGGCCGCTGAATCAACCAATTTTACTGTTGATCTGATGGAAAACGCGGCGAAGCAATTTAACAACATTGGCGCGACGACTCCTGTTGTTCCATTTCGTATTTTGCTGTCACCCTGTGGTAATGCCGTTTCTGCTGTAAAGGTTGGGTTTACTGGCGTTGCAGATAGCCACAATGCCAACCTGCTTGCACTTGAAAATACGTTGTCAGCGGCTTCGGGACTGGGAATACAGCTTCTGAAtt > 1:1052954/1‑300 (MQ=255) ccgatctggATGGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGTGTGGCCGCTGAATCAACCAATTTTACTGTTGATCTGATGGAAAACGCGGCGAAGCAATTTAACAACATTGGCGCGACGACTCCTGTTGTTCCATTTCGTATTTTGCTGTCACCCTGTGGTAATGCCGTTTCTGCCGTAAAGGTTGGGTTTACTGGCGTTGCAGATAGCCACAATGCCAACCTGCTTGCACTTGAAAATACGGTGTCAGCGGCTTCGGGACTGGGAATACAGCTTCTGAATGagca < 1:597335/294‑1 (MQ=255) ggCTGCGGATGGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGTGTGGCCGCTGAATCAACCAATTTTACTGTTGATCTGATGGAAAACGCGGCGAAGCAATTTAACAACATTGGCGCGACGACTCCTGTTGTTCCATTTCGTATTTTGCTGTCACCCTGTGGTAATGCCGTTTCTGCCGTAAAGGTTGGGTTTACTGGCGTTGCAGATAGCCACAATGCCAACCTGCTTGCACTTGAAAATACGGTGTCAGCGGCTTCGGGACTGGGAATACAGCTTCTGAATGagcag > 2:801902/1‑301 (MQ=255) ggATGGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGTGTGGCCGCTGAATCAACCAATTTTACTGTTGATCTGATGGAAAACGCGGCGAAGCAATTTAACAACATTGGCGCGACGACTCCTGTTGTTCCATTTCGTATTTTGCTGTCACCCTGTGGTAATGCCGTTTCTGCCGTAAAGGTTGGGTTTACTGGCGTTGCAGATAGCCACAATGCCAACCTGCTTGCACTTGAAAATACGGTGTCAGCGGCTTCGGGACTGGGAATACAGCTTCTGAATGagcaagatcgg > 2:597978/1‑294 (MQ=255) | CGCTGCCGTTTGGGGCGATGGTGACATCAGAGAGTAGCCAGAGTAGCGGCATTGTTGCGGATAATGGTCAGGTTTACCTCAGCGGAATGCCTTTAGCGGGAAAAGTTCAGGTGAAATGGGGAGAAGAGGAAAATGCTCACTGTGTCGCCAATTATCAACTGCCACCAGAGAGTCAGCAGCAGTTATTAACCCAGCTATCAGCTGAATGTCGTTAAGGGGGCGTGATGAGAAACAAACCTTTTTATCTTCTGTGCGCTTTTTTGTGGCTG‑GCGGTGAGTCACGCTTTGGCTGCGGATAGCACGATTACTATCCGCGGCTATGTCAGGGATAACGGCTGTAGTGTGGCCGCTGAATCAACCAATTTTACTGTTGATCTGATGGAAAACGCGGCGAAGCAATTTAACAACATTGGCGCGACGACTCCTGTTGTTCCATTTCGTATTTTGCTGTCACCCTGTGGTAATGCCGTTTCTGCCGTAAAGGTTGGGTTTACTGGCGTTGCAGATAGCCACAATGCCAACCTGCTTGCACTTGAAAATACGGTGTCAGCGGCTTCGGGACTGGGAATACAGCTTCTGAATGAGCAGCAAAAT > NC_000913/4547518‑4548110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |