| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 323,369 | G→A | V344V (GTG→GTA) | ykgF → | ferridoxin‑like LutB family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 323,369 | 0 | G | A | 98.7% | 527.7 / ‑5.4 | 153 | V344V (GTG→GTA) | ykgF | ferridoxin‑like LutB family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (80/71); minor base T (1/1); total (81/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CCCCCACGTTTGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTG‑TCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGA‑TATGGCTCTATTTATCCA‑GGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCC‑TACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAATTTGGCGCGATT > NC_000913/323071‑323666 | cccccACGTTTGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTG‑TCCGGCCTATCGCCATATTGGCGGTCATGGA‑TATGGCTCTATTTATCCA‑GGGCCAATTGGTGCGGTAAt > 2:62803/1‑301 (MQ=255) cccACGTTTGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTG‑TCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGA‑TATGGCTCTATTTATCCA‑GGGCCAATTGGTTCGGTAAttt > 2:226651/1‑301 (MQ=255) ttGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTG‑TCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGA‑TATGGCTCTATTTATCCA‑GGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCg > 1:834339/1‑299 (MQ=255) ccGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTG‑TCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGA‑TATGGCTCTATTTATCCC‑GGGCCAATTGGTTCGGTAATTTCTCCGCT‑a > 2:759673/1‑299 (MQ=255) aTGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTG‑TCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGA‑TATGGCTCTATTTATCCA‑GGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCta < 1:1305685/301‑1 (MQ=255) gATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTG‑TCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGA‑TATGGCTCTATTTATCCA‑GGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCTCT‑ACTTGGCGGCTAtaaagat > 2:1561403/1‑301 (MQ=255) aTGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTG‑TCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGA‑TATGGCTCTATTTATCCA‑GGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCTAtaaagattttaaaa > 1:373729/1‑300 (MQ=255) 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tCCA‑GGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCC‑TACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGACAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTTCCCATGCGGCAAGCTGGTTTATCACTGGCGGCAAAacaac > 2:291411/1‑298 (MQ=255) tCCA‑GGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCTAAAAAGATTTTAAAGATTTACCC‑TACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAAcacca < 1:429898/301‑1 (MQ=255) tCCA‑GGGCCAATTGGGGCGGTAATTTTTCCGCT‑ACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCC‑TACGCCTGCTCTTTAAGAACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAAcacca < 1:1761898/301‑1 (MQ=255) ccA‑GGGCCAGTTGGTGCGGTAAGTGCTCGGCT‑ACTTGGCGGCGATAAAGATTGTAAAGATGTACCC‑TACGCCTGCTCTTTATGAACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAAcaccac < 2:1699169/301‑1 (MQ=255) a‑GGGCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCC‑TACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACt > 1:1497224/1‑300 (MQ=255) gggCCAATTGGTGCGGTAATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCC‑TACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAANGCAGANCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGACAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACAACtta > 1:231480/1‑299 (MQ=255) ggTGCGGTAATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCC‑TACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAATTTGgcg > 1:589436/1‑301 (MQ=255) ggTAATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCC‑TACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAATTTGGCGCGAtt > 2:1269666/1‑301 (MQ=255) ggTAATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCC‑TACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAATTTGGCGCGAt < 1:332264/300‑1 (MQ=255) | CCCCCACGTTTGCCGAGGTAGATGTATTGATCACCATGCTGGCGCGCAGTGCCGTTGGTGCACGTTTGACGGGATACAACACCTGGCTGACAGGACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTG‑TCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGA‑TATGGCTCTATTTATCCA‑GGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCT‑ACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCC‑TACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGTATTCCGCTGTCAAAACTGATTTTGCGTCATCGTCGGGTGATGGCTGAAAAAGGGATCACCGCAAAAGCAGAGCAACGGGCGATAAAAATGTTCGCTTATGCCAATAGTCATCCAGGATTGTGGAAAGTCGGGATGATGGCCGGTGCTCATGCGGCAAGCTGGTTTATCAATGGCGGCAAAACACCACTCAAATTTGGCGCGATT > NC_000913/323071‑323666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |