Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_000913 | 2,911,534 | 0 | T→. | 45.8% | 157.3 0.0 0.0 | 96 | coding (2118/2235 nt) | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (24/20): ref base (27/21): total (52/44) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
AATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTA‑CCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAAT‑CTCAATGGTC‑ATGTCG‑ATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGACCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTC‑TCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGTAATGAAGCCGACAATCTCATCTCCAGGAATCGGCTGGCAGCAGCGCGCGATGTGGTG > NC_000913/2911235‑2911833 | aaTCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAAACAACGCGCGTCGATAACATCCGGAACCGGGTTGAGTTTA‑CCCAGCACGCGCACCGGCACTTGCAGGTTGTAAAT‑CT‑AATGGGCAATGTGC‑ATGGCCGCCAGtt > 1:366164/1‑301 (MQ=255) aTCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTC‑ACCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCCGGTTGTAAAT‑CGCAATGGTC‑ATGGCG‑CTGGTCGCAAGTTg > 1:85700/1‑301 (MQ=255) aTCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTA‑CCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAAT‑CTCAATGGTC‑ATTTCG‑ATGGTCGCCCGtgt > 2:840960/1‑299 (MQ=255) tcaATATTCAGAGTGAGCGCCGGCATGAACGTAGCCGGCATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTA‑CCCAGCACGCGCCCAAGCACTTGCAGGTTGTAAAT‑CTCAATGGTC‑ATGTCG‑ATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCt < 2:577921/301‑1 (MQ=255) tatTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCACACCGCTATCATCTGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACCTCCGGCACCTGGTTGCGTTTA‑CCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAAT‑CTCAATGGTC‑ATGTCG‑ATGGTCGCCAG‑TGCTGTTTGGTGTCGCTACgg > 2:209541/1‑300 (MQ=255) aacctcgCCCGGATCCGAACCGCCGTTGAATTTCCCCAACGCGTGTCGCTACTTTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGACATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAAGTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTA‑CCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAAT‑CTCAATGGTC‑ATGTCG‑ATGGTCGCCAG‑TGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCAcc < 1:209534/295‑1 (MQ=255) gaGCCGGGATCCCGACCGCCGGTGAAGTTCCCCAACGATGTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTAGATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTA‑CCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAAT‑CTCAATGGTC‑ATGTCG‑ATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCtt < 2:658728/299‑1 (MQ=255) 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aaT‑CGCAATGGTC‑ATGGCG‑ATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCCGGCAACGCCAAGCACGTTCACCGTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCCCTACGATCATTAGCTACCACGCGGACCACCAGCGAAGATCCGGCGGAGTAGCTC‑TCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGTAATGAAGCCGACAATCTCATCTCCAGGa < 2:121091/301‑1 (MQ=255) t‑ctcAATGGTC‑ATGTCG‑ATGGTCGCCAG‑TGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGACCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTC‑TCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCCTGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGCAATACCGCGCCCCCGGGTAATGAAGCCCACAATCCCATCCCCCggcaa > 1:289275/1‑297 (MQ=255) cAATGGTC‑ATGTCG‑ATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGACCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTC‑TCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGa < 2:131621/250‑1 (MQ=255) ggTC‑ATGTCG‑ATGGTGGCCAG‑TGCTGTGGGGTGTCGCTCCGGCGGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGACCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTC‑TCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGAAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGTAATGAAGCCGACAATCTCATCTCCAGGaa < 2:49723/292‑1 (MQ=255) ggTC‑ATGTCG‑ATGGTCGCCAG‑TGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGACCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTC‑TCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGTAATGa < 2:39788/268‑1 (MQ=255) gttCG‑ATGGTCG‑CACGTGCTGTTTGGTGTTGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGACCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTC‑TCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATAc < 1:570836/243‑1 (MQ=255) ttGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGACCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTC‑TCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGCGTACTGCAATACAGCGCCCCTGGGTAATGAAGCCGACAATCTCATCTCCAGGAATCGGCTGGCAGCAGCGCGCGATgtggtg > 2:167973/1‑300 (MQ=255) | AATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATCCGCACCGCCGGTGAATTTCCCCAACGCTTTACGCTACTGTGGATCATAACCCTTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTA‑CCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAAT‑CTCAATGGTC‑ATGTCG‑ATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCTACCACGCGGACCACCAGCGAATATCCGGCGGAGTAGCTC‑TCACCCCATACCGCGTCAACAATGCGTTCTGGCGCATGGGAGCGCAGTTCCGCCAGTTGTTCGCAATCGGCGCGGTGTACTGAAATACCGCGCCCCTGGGTAATGAAGCCGACAATCTCATCTCCAGGAATCGGCTGGCAGCAGCGCGCGATGTGGTG > NC_000913/2911235‑2911833 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |