Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,560,455 | +G | 100% | intergenic (‑2/+1) | glpR ← / ← glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | .→G | 100.0% | 3.5 | 96 | intergenic (‑2/+1) | glpR/glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (41/50): ref base (2/2): total (43/53) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.48e-02 |
CCCGCCATCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCT‑ACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGC‑TAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACCATCCGGCGACA > NC_000913/3560157‑3560742 | cccGCTATCGCGGGGTCGTGCTTCGCGACCGGCGGGAAGTGTGCGAAAATGTGCTTGTACCATCAAGGAGGTAGCAACGTTGAGATTGTTGGGGACAATGGGCAAATTGCGGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCT‑ACCGCTGACTGCGTGGTGTCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCAGTGGGGATTTGCCACGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCGTTTTCTGCGGTCTGGGGGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑cgc < 1:565783/301‑3 (MQ=255) cgGCTGCGTAATTCGCCCCCGGCGAGAATGATGCTAAAATCTTCTTTTCCCATCAACGTGTTAGCACCGTTGGGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTTTGATTGAGCAGTGCGTGCGCT‑ACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGTGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCAGGt < 2:285098/301‑1 (MQ=255) cgGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCT‑ACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGCTTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCAATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTCCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGCAGGCAGCACCGCACCGC‑CCTGAT‑G‑G‑cggcggcccaggt > 2:709328/1‑289 (MQ=255) ggCTGCGTAATTCGTCACCGGTGAGAATGAGGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATGGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCT‑ACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTGTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCAGGt < 2:752423/300‑1 (MQ=255) gCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCT‑ACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTCACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCAGGttt > 2:639742/1‑301 (MQ=255) gCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCT‑ACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGAGTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGCTCGTGCCACGGCGTGTTAACCGACCTGCAAAGCAGCGCGGCACAGC‑AGTGAT‑G‑G‑CGCCGGATCGGGTTTTgt > 2:364058/1‑300 (MQ=255) ggCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCACATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCT‑ACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGACCTGGAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCCttt > 2:75820/1‑300 (MQ=255) gggataattacacaagagtcttctTTTCCCATCCACTTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGCTCACAATGCGCGAATTGCTGTGATTGAGGATTGCGTTCGCT‑ACCTATTCCGGCGTGGTGCCGTTATCGATAATCAGCGT‑CGAGCCATTGGTGATTTGCTCCGCCTCTTTGCGGGCGATTCGCTCTTTTTCTCCGGTCTTGGTGGCCTTGCGATCGGGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGTAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTg < 2:597448/282‑1 (MQ=255) gCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCT‑ACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTg < 2:574474/300‑1 (MQ=255) cGAGAATTATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAAAGTGTTAGCAACGTGGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGGGCGTGCGCT‑ACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGa < 2:881868/300‑1 (MQ=255) 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cTGGAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGC‑TAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCcaaaccaa > 2:535131/1‑301 (MQ=255) ggAAGGACGCGCCGCACCGC‑AATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCATGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAAGGCGCGCCGAATAGACTGGGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGAAATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTATGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGTAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGC‑TAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAAt < 2:158021/300‑1 (MQ=255) ccGC‑CATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGC‑TAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACCAATCACACCATCCGGCGACa > 2:102463/1‑301 (MQ=255) ccGC‑CATGAT‑G‑G‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGCTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCACTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCGAAACCCACGGC‑TAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACAATCCGGCGACa > 2:894422/1‑301 (MQ=255) | CCCGCCATCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCT‑ACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGT‑CGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGC‑CATGAT‑G‑G‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGC‑TAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACCATCCGGCGACA > NC_000913/3560157‑3560742 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |