Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_000913 | 2,760,580 | 0 | T→A | 1.6% | 0.1 0.0 ‑0.1 | 189 | S12T (TCC→ACC) | yfjJ | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/1): ref base (119/65): total (121/68) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.35e-01 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GAATTAATTAGAATCTTAATTTCACAAAACAAAATATTTATATCTTCATGGGGTAAAACAAAAATAATAAACATAACTCATTGTGTTTTTTGATTTTAATGACAATCTAAAAGGACTTAATTTAAGAGTAAAAACAAACTCTAAACCCAGTTCGGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGACCCAATTGATACAGAAAATATGGATAACCCATTCTTTCAACCCAGGGTTGACTCTGGTGCTATATCTCGCTTTACCAGTGCGTTAAAAGCAAAGCTTAAACATGATAAGCATATTAAAACTCAACGGAAAGACTGGCCTGATAGTCGACATTCCACTTTACGTTACGCATGGGTCAGAGAATATACCAAAAATAGAAAGCGGCATTACCATT > NC_000913/2760302‑2760880 | gtTTTTTGATTTTAATGACAATCTAAAAGGACTTAATTTAAGAGTAAAAACAAACTCTAAACACAGTTCGGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGCAACAAACAGGTTATTGATTACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTTTTGTTCTGCATGCACCAATTGCTACaacaaa > 1:466430/1‑296 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |