Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,764,873 | 3 | .→G | 1.5% | 1.2 0.0 ‑0.2 | 134 | coding (281/1617 nt) | yfjL | CP4‑57 putative defective prophage, DUF4297/DUF1837 polymorphic toxin family protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (72/60): total (73/61) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.96e-01 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GAATGACCCCATGTAGATCTTGGGAGGCCAGCCGTATGTTCTTGATCCCTAGAAGTTCCAGTTCGCGCAGGGATGAAAACACTTCCCATGTAGCCGCATCGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTGTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTGGCTTATCTAGTCGGGCGTTTGGGCTGATCGTCAAGTACTCAAGGGTTTTGTTGACCTTTTCCTCTGTGACGATGGAGTACCTACGTCCAAGGGACAG‑GTCAGACTCACACTGCA‑‑‑‑‑TTGATTTGTGCAAAATTGAACTGCAGGGGATCGTCTTTTTATCAGCACCTTTTGAATTCTGAACGATGTCCGAAATGTTCCAACGTGTTTTGCCGGTGCTTTTTACCTGAACGAAGTCGATGTATCCATCAGATACAATGTCGATATCGTCTGTGACCTCGCAGCGCACACTGCGGATAGTCTTGTCACGAAGCATTCGGGTGACATGGTAAGCGGCTACGCAGTCCTGAAATAAGAAACCGTGCTTGGCGGCTACTCCGCCTGAATCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAAT > NC_000913/2764574‑2765171 | gaATGACCCCATGTAGATCTTGGGAGTCCAGCCGTATGTTCTTGATACCTAGAAGTTCCAGTTCGCGCAGGGATGAAAACACTTCCCATGTAGCCGCATCGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTGTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTGGCTTATCTAGTCGGGCGTTTGGGCTGATCGTCAAGTACTCAAGGGTTTTGTTGACCTTTTCCTCTGTTACGATTCAGTACCTACTTCCAAGGGCCAG‑GTCAGCCTCACACTGCA‑‑‑‑‑t > 1:113197/1‑301 (MQ=255) aaaatgccccaaggtgtgcctGGGAGGCCAACCGGTTGTTTTTTGTCCCTGAAAGTGTCCGTTCCGCCAGGGATTGAAACACTTCCCATGTAGCCGCATCGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTGTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTGGCTTATCTAGTCGGGCGTTTGGGCTGATCGTCAAGTACTCAAGGGTTTTGTTGACCTTTTCCTCTGTGACGATGGAGTACCTACGTCCAAGGGACAG‑GTCAGACTCACACTGCA‑‑‑‑‑t < 2:458684/281‑1 (MQ=255) tGACCCCAAGTAGATCGTGGGAGGCCAGCCGTATGTTCTGGATCCCTAGAATTTCCAGTTCCCCTAGGGATGAAAACACTTCCCATGTAGCCGCATTGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTTTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTTGCTTATCTAGTCGGGCGTTTGGGCTGATCGTCAAGTACTCAAGGTTTTTGTTGACCTTTTCCTCTGTGACGATGGAGTACCTACGTCCAAGGGACAG‑GTCAGACTCACACTGCA‑‑‑‑‑TTGa < 2:725719/301‑1 (MQ=255) cccccagttaattCTTGGGAGGCCAGCCGTATGTTCTTGATCCCGAGCACGTCCAGTTCGCGCAGGGAAGAAAACACTGCCCATGTAGCCGCATCGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTGTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTGGCTTATCTAGTCGGGCGTTTGGGCTGATCGTCAAGTACTCAAGGGTTTTGTTGACCTTTTCCTCTGTGACGATGGAGTACCTACGTCCAAGGGACAG‑GTCAGACTCACACTGCA‑‑‑‑‑TTGAtt < 1:503441/289‑1 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gCA‑‑‑‑‑TTGATTTGTGCAAAATTGAACTGCAGGGGATCGTCTTTTTATCAGCACCTTTTGAATTCTGAACGATGTCCGAAATGTTCCAACGTGTTTTGCCGGTGCTTTTTACCTGAACGAAGTCGATGTATCCATCAGATACAATGTCGATATCGTCTGTGACCTCGCAGCGCACACTGCGGATAGTCTTGTCACGAAGCATTCGGGTGACATGGTAAGCGGCTACGCAGTCCTGAAATAAGAAACCTTGCTTGGCGGCTACTCCGCCTGAATCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAAt > 2:237936/1‑301 (MQ=255) | GAATGACCCCATGTAGATCTTGGGAGGCCAGCCGTATGTTCTTGATCCCTAGAAGTTCCAGTTCGCGCAGGGATGAAAACACTTCCCATGTAGCCGCATCGATCCAATCTGAAACGCTTATACCTGAGTCTGTTAAAAAATTGTCTGTGCGTTTGTTGAGGTCATCGATGAGTTCCTGTCGACCTGGCTTATCTAGTCGGGCGTTTGGGCTGATCGTCAAGTACTCAAGGGTTTTGTTGACCTTTTCCTCTGTGACGATGGAGTACCTACGTCCAAGGGACAG‑GTCAGACTCACACTGCA‑‑‑‑‑TTGATTTGTGCAAAATTGAACTGCAGGGGATCGTCTTTTTATCAGCACCTTTTGAATTCTGAACGATGTCCGAAATGTTCCAACGTGTTTTGCCGGTGCTTTTTACCTGAACGAAGTCGATGTATCCATCAGATACAATGTCGATATCGTCTGTGACCTCGCAGCGCACACTGCGGATAGTCTTGTCACGAAGCATTCGGGTGACATGGTAAGCGGCTACGCAGTCCTGAAATAAGAAACCGTGCTTGGCGGCTACTCCGCCTGAATCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAAT > NC_000913/2764574‑2765171 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |