Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,186,771 | C→A | 5.6% | intergenic (+30/‑189) | rcnA → / → rcnB | membrane protein conferring nickel and cobalt resistance/periplasmic modulator of Ni and Co efflux |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_000913 | 2,186,771 | 0 | C→A | 5.6% | 3.9 0.0 ‑0.0 | 122 | intergenic (+30/‑189) | rcnA/rcnB | membrane protein conferring nickel and cobalt resistance/periplasmic modulator of Ni and Co efflux |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/5): ref base (50/62): total (53/69) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.43e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCTTCATGGGCATAATGCGATAACTCAATCCTTTAGGCTTGCATGTTATCTTCAGCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGAATTTCTAAGTA > NC_000913/2186482‑2187069 | cagcaATTACCGTGCTGTTGTGATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTTGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGGAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTGTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCTTCATGGGCATAATGCGATAACTCAATCCTTTAGGCTTGCATGTTATCTTCAGCCCAGgat < 1:450829/300‑1 (MQ=255) cagcaAATACCTGGCTGTTGATATGAATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACAATGGTCGTCAGTTTAAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGGCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCTTCATGGGCATAATGCGATAACTCAATCCTTTAGGCTTGCATGTTATCTTCAGCCCAGgat < 2:107357/300‑1 (MQ=255) aagcaATGACCGTGCTGTTGATATGGAGTCAGGTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACTATGGGCGGCAGTGTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACAGTAGGAGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCTTCATGGGCATAATGCGATAACTCAATCCTTTAGGCTTGCATGTTATCTTAAGCCCAGgat < 2:516796/299‑1 (MQ=255) gcaATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTCACACTGTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTCTATGGGCGTACATGGCTTCATGGGCGTAATGCAATAACTGCATCCTTTCGACTTCACTGTTACGTTCAGCCCAggttatt > 2:688352/1‑296 (MQ=255) caATTACCGTGCTGTTGAAATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTGAGTGTCAGCATTAGCCTGGCGTTAACGCTTCTCACCGTAGGCGTTGGAGCCGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGGGGATTTAACACTCACGCTAGACGCGCCACCTATTTCTCCAGCCTGTTGTTGCGCGTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATTGCTTCATGGTGATAATGCGATAACTCACTCCTTTACGCTTGCATGTTATATTCGGTCTAGgacgtgt > 1:274292/1‑296 (MQ=255) cGTGCTCTTGATATCGACTCCGTTGAAAGTCCTGCACCTGGGCGCAACACGTGTCGTCAGGTTCAGCATTGGCCTCGAGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCTTCATGGGCATAATGCGATAACTCAATCCTTTAGGCTTGCATGTTATCTTCAGCCCAGGATGATTCTTAAAt < 2:456580/301‑1 (MQ=255) gggcttgtggtagtcatgcgggggAAAGGCCTGCCACTGGGCGGAACACTGGGCGGCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCGCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCTTCATGGGCATAATGCGATAACTCAATCCTTTAGGCTTGCATGTTATCTTCAGCCCAGGATGATTCTTAAAt < 1:903979/277‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |