| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,435,814 | 1 | .→G | 1.1% | 1.9 0.0 ‑0.4 | 177 | coding (608/1290 nt) | rsmB | 16S rRNA m(5)C967 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (89/86): total (90/87) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.60e-01 | ||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
GGCGCTATCGCAATTAAGCGTCCGCAACTTAAAGGGTTGATAAACGGTGTATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTACCCTGATGCTGTACGTCTGGAAACACCTGCACCTGTTCATGCGCTACCTGGTTTTGAAGACGGATGGGTTACCGTTCAGGATGCATCAGCACAAGGTTGCATGACCTGGCTTGCGCCACAAAACGGTGAACACATTTTGGATCTTTGTGCCGCCCCCGGCGGTAAAACAACGCATATCCTTGAGGTGGCACCAGAAGCGCAGGTTGTTGCGGTTGATATCGACGAACAGCGC‑CTCTCTCGGGTTTACGACAATTTAAAACGCCTTGGTATGAAGGCGACCGTGAAACAAGGTGA > NC_000913/3435519‑3436114 cTATCGCAATTAAGCGTCCGCAACTTAAAGGGTTGATAAACGGTGTATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTAccc < 1:90693/301‑1 (MQ=255) cTATCGAAATTAAGCGTGCGCAAGTTAAAGGGTGTATAAAAGGTGTATTACGCAAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAATTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTAccc < 2:75256/301‑1 (MQ=255) cAATTAAGCGTCCGCAACTTAAAGGGTTGATAAACGGTGTATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTACCCTGATg > 1:200374/1‑300 (MQ=255) aaGCGTCCGCAACTTAAAGGGTTGATAAACGGTGTATTACGCCAGTGCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTACCCTGATGCTGTAc < 2:429164/301‑1 (MQ=255) cGTCCGCAACTTAAAGGGTTGATAAACGGTGTATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTACCCTGTTGCTGTACg < 1:309310/299‑1 (MQ=255) ctaaaaGGTTTGATAACCGGTTGATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGGTATTAGCCGAGTTTAAGGCCAGTGATGAACGGTCTCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAAAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGGATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTACCCTGATGCTGTACGTCTGGAAacac < 2:322359/298‑1 (MQ=255) cTTAAGGGGTTGATAAACGGTGTATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGACGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTCGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTCCGCATCATTCCCGCGCACGCTGGCTTGCATTGCTGGATGACGCCGGCATGAGAGGTTTCCCGCATTGGGCTTACCCTGATGCGTTACGTCGGGAAacc > 2:207764/1‑299 (MQ=255) cTTAAAGGGTTGATGAACGGTGTATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGGGTTTAATGCCATTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCATGGTTGCTGAACCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGATCATTGGCAATCCAGCGTCGACGCCGATAACTAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACCACTGGCTTGCTTTGCTGGATGAATCCAGCATTAAATCTGTCACGCATGATGATTACCCTTATGccgaccgtatgtccaac > 2:708656/1‑284 (MQ=255) cTTAAAGGGTTGATAAACGGTGTATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTACCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCCATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATAATCCCCGCGACAGCTGGCGTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAACGTTTCCAGCATGCGGTTTACCCTGATGTTGTACGTCGGGAAaca > 2:109918/1‑300 (MQ=255) ttAAAGGGTGTTTAAATGGTGTATTACTCCAGTTCAAGCGTCATCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCATAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTACCCTGATGCTGTACGTCTGGAAAcacc < 2:28670/301‑1 (MQ=255) 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aCGGTGTATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAAACAGAGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCGGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTACCCTGATGCTGTACGTCTGGAAAcccctgccc > 2:305069/1‑289 (MQ=255) gtgtATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTACCCTGATGCTGTACGTCTGGAAACACCTGCACCTGTTCATgcg > 1:434490/1‑299 (MQ=255) gtgtATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCGACGTAGTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAATGGTTCCCGCATGCGGATTACCCTGATGCTGTACGTCTGGCACCCCCGGCACCTGTTccttccgt > 2:484213/1‑294 (MQ=255) 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GGCGCTATCGCAATTAAGCGTCCGCAACTTAAAGGGTTGATAAACGGTGTATTACGCCAGTTCCAGCGTCAGCAAGAAGAGTTATTAGCCGAGTTTAATGCCAGTGATGCACGTTATCTGCATCCTTCCTGGTTGCTGAAGCGTCTGCAAAAAGCGTATCCAGAGCAGTGGCAATCCATCGTCGAAGCCAATAACCAGCGTCCGCCAATGTGGCTGCGTATTAATCGTACGCATCATTCCCGCGACAGCTGGCTTGCATTGCTGGATGAAGCAGGAATGAAAGGTTTCCCGCATGCGGATTACCCTGATGCTGTACGTCTGGAAACACCTGCACCTGTTCATGCGCTACCTGGTTTTGAAGACGGATGGGTTACCGTTCAGGATGCATCAGCACAAGGTTGCATGACCTGGCTTGCGCCACAAAACGGTGAACACATTTTGGATCTTTGTGCCGCCCCCGGCGGTAAAACAACGCATATCCTTGAGGTGGCACCAGAAGCGCAGGTTGTTGCGGTTGATATCGACGAACAGCGC‑CTCTCTCGGGTTTACGACAATTTAAAACGCCTTGGTATGAAGGCGACCGTGAAACAAGGTGA > NC_000913/3435519‑3436114 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |