Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,186,458 | 1 | .→G | 1.1% | 1.9 0.0 ‑0.3 | 183 | coding (1109/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (84/97): total (85/98) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.62e-01 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAA‑GAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGA > NC_000913/4186161‑4186740 | gcgTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCgaa‑gaa > 1:307357/1‑301 (MQ=255) cgTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTACGGTCGTTCTGTAATCACCGTTGGTCCATACCTGCGTCTGCCTCAGTGCGTTCTGCCGAA‑Gaaa > 2:479689/1‑301 (MQ=255) cATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTTCCGAA‑GAACATg > 2:866689/1‑301 (MQ=255) ttAACCGGAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAA‑GAAAATGGc < 2:411530/301‑1 (MQ=255) 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gTGCGGTCTGCCGAA‑GAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCat > 2:280244/1‑275 (MQ=255) gTGCGGTCTGCCGAA‑GAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCat < 1:280245/275‑1 (MQ=255) | GCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAA‑GAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGA > NC_000913/4186161‑4186740 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |