Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,286,965 | A→G | 9.3% | intergenic (+439/+122) | narI → / ← tpr | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/protamine‑like protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,286,965 | 0 | A→G | 9.3% | 3.5 ‑0.3 ‑0.0 | 76 | intergenic (+439/+122) | narI/tpr | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/protamine‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (4/5): ref base (25/40): total (29/47) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.31e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.96e-01 |
AAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATT > NC_000913/1286666‑1287262 | aaaaTTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGGGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGAc < 1:266328/301‑1 (MQ=255) 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gATTACTCAGCGCTGAGCGCT‑TCGGCGTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTAAAGTCGAACCGTGGTCGAAGCTTGTCATACTTCCCCGAGTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGGGATGTTGGTGGGGGAAGGATTATTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGC‑AACTCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTg < 1:426015/300‑1 (MQ=14) aTTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGAt < 1:745164/301‑1 (MQ=255) aTTACTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGAt < 1:643044/301‑1 (MQ=255) tACTCAGCGCTGCGCGTG‑GCGCCCTTCGGGTCGTGGCCTGCGGCACAGCTCTCTCGCTGGCGCGCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGTTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACGCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTg < 1:802786/301‑1 (MQ=255) aCTCAGCGCTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGAGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGACCCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCCTCTCATCCTTCCCCGCCTGGGCAGAATATTTGATTgg > 1:885379/1‑300 (MQ=255) gcgcTGCGCGCT‑TCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGTTGCGCGTTTCGCCCTTCGGGTCGGCGGCGGAGGCAAACGC‑CACTGGTTGGCGCTCGAGCCGAACCTGTGGCGAAGCTACTAATTCTTCCCCCGAAGGGCAGGATGTTGGAttcggggag > 2:539707/1‑294 (MQ=14) cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCACGGGCAGAATTTTTAATTTGTGATTCGCTTGAGTGTTcgg > 1:930840/1‑299 (MQ=255) ttCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGa < 1:189159/301‑1 (MQ=255) ttCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGa < 1:797546/301‑1 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCTCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCACCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTAGATTGCGGATTCGTTTGAGATTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGa < 1:168474/300‑1 (MQ=255) ggggtggtGCCTGAGGAAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTGGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACt < 1:449378/293‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCCGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGC‑AACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATCTTTGCTTGCGGAATCGCTTGCGAGTTCAGGGCCTTTTGAAAGTGa > 1:130194/1‑301 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |