Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 61,245 | 1 | .→T | 1.0% | 1.8 0.0 ‑0.2 | 210 | coding (2020/2907 nt) | rapA | RNA polymerase remodeling/recycling factor ATPase; RNA polymerase‑associated, ATP‑dependent RNA translocase |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (94/114): total (95/115) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.63e-01 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CGCCAGCGCCACTTCACGATCAAAGGTGATGGTGATGCCATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAGCACCGACTGAGCGGTTTT‑CTCCAGATAAGGCACATGGATCTGAATATCGTGCGCCTGGCCGATACGATCCAGACGACCAATACGCTGCTCCAGTAGATCCGGGTTGAATGGCAGGTCAAACATCACCATGTGGCTGGCG > NC_000913/60955‑61543 | cgccagcgccaCTTCACGATCAAAGGTGATGGTGATGCCATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATT‑TTGTTCGCgg > 2:569928/1‑301 (MQ=255) cGATCAAAGGTGATGGTGATGCCATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGCTTTCGCGGAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCGTTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGaa > 2:430652/1‑300 (MQ=255) aTCAAAGGTGATGGTGATGCCATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCCCGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCAGG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGag > 2:410206/1‑298 (MQ=255) aTCAAAGGTGATGGTGATGCCATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCCGTTTTTGATCATATCg > 2:11705/1‑301 (MQ=255) 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ccATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGTGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAAGGCTTTCTGCCCGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TGTCTGGCGGCAGTTTTTGAGCAGTTGGTCAAGGCCTTGGGTTTgcg > 1:1151523/1‑299 (MQ=255) ctCTTCCCGCAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCTTATGATCGGACGTCGTCAGGACGATCATGTGGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGAGACCGATAATAGCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTGGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATcc < 1:288813/300‑1 (MQ=255) agtttCCTACAGGCCAGGGAAGGCCGGAACCAGCATATGGTCGGAAGGCGTCAGGACAATAATGTTGTCGCGGCGATCGTGCTGAGTGATACGGATAATATCGATCAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAAGGCTTACTGCCAGTGCCTGGGCTTTATCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGGAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATc < 1:703805/297‑1 (MQ=255) tCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGCTTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCTCTTCCGG‑ATGCTCGCGGCAGGTTTTAATCAGATGGACGAAGCCTTCGTATTGATCCg > 2:1062765/1‑301 (MQ=255) cGACAGGACAGGGAAATCCGGCACCAACATATGGTCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGAACGTCTTGATTGATACCGATAATCTCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCCTCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCATTGCCTGGGCTTTCTCGCCCCCGTTGCAGTGGATTTCCAGCATGCGGTCACGACACTGTCCCAGCTGTGCTTTCCGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTTGTCCGCCCGTCACAGCCTTCGCTTTTATCCGGTGaa > 1:771214/1‑301 (MQ=255) ggCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGACGGCGATCAGGTTGGTATCGTAATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGCTGGAGTGGATTTCCAGCAGCCGGTCACGACCCTGTTCCAGCCGTGCTTTCGTCGCTTCCTG‑TTGATCTCGGCAGTTTTTGCTAAGATCGTCAACGCCCTCGGTTTGATCCGGTGAAGcccg > 1:513177/1‑299 (MQ=255) ggCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAg > 2:931849/1‑301 (MQ=255) gCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCCCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGcc > 1:377623/1‑276 (MQ=255) gggAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATGGt > 2:372804/1‑301 (MQ=255) ggcaGTCCGGCATCCGCATATGTTCCGACGGCGTTCGCACGTTCCTGTTGTGGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATACCGAACAGGTGCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCTTCCTGCTCTTCAATGCGTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGTAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTCATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAg < 2:302043/296‑1 (MQ=255) gTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCATGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGACTTCGGTTTGATACGGTGAAGCCAGATAGTTAAt > 2:694396/1‑300 (MQ=255) tCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGGTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATGTCCAGCAGGCGGTAACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATc < 2:1177927/300‑1 (MQ=255) 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taggATCGGACGGCTTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATAc < 2:1226711/298‑1 (MQ=255) atGATCTGACGTCGGCAGCACTATCATGTTGTCGCCGCGAGCGTCCTGATTGATACCGATAATAGCGAACAGTTTCATGGCGACGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTGCTGCCAGTGCCTGGGCGTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACg < 2:786602/301‑1 (MQ=255) taTCGGACGGCGTCCGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCCAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCt < 1:478767/300‑1 (MQ=255) 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gTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAGCACCGACTGAGCGGTTTT‑CTCCAGATAAGGCACATGGATCTGAATATCGTGCGCCTGGCCGATACGATCCAGACGACCAATACGCTGCTCCAGTAGATCCGGGTTGAAAGGccg > 2:1091989/1‑299 (MQ=255) gTTCCAGCTGGGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAGCACCGACTGAGCGGTTTT‑CTCCAGATAAGGCACATGGATCTGAATATCGTGCGCCTGGCCGATACGATCCAGACGACCAATACgc < 2:844627/272‑1 (MQ=255) ttCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATg < 2:717724/155‑1 (MQ=255) tgtgCTTCCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTGTGCTCAGATAGTCAAAGCCTTTGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGAGAGTTAATCAGATCGGTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAGCACCGACTGAGCGGTTTT‑CTCCAGATAAGGCACATGGATCTGAATATCGTGCGCCTGGCCGATACGATCCAGACGACCAATACGCTGCTCCAGTAGATCCGGGTTGAATGGCAGGTCAAACa < 1:1221923/301‑1 (MQ=255) gtgCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAGCACCGACTGAGCGGTTTT‑CTCCAGATAAGGCACATGGATCTGAatat < 2:895061/225‑1 (MQ=255) aTG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAGCACCGACTGAGCGGTTTT‑CTCCAGATAAGGCACATGGATCTGAATAGCGTGCGCCTGGCCGATACCATCCAGACGACCAATACGCTGCTCCAGTAGATCCGGGTTGAATGCAAGGGCAAACATCACCATGTGGCTGGCg > 1:745768/1‑301 (MQ=255) | CGCCAGCGCCACTTCACGATCAAAGGTGATGGTGATGCCATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAGCGCTTCATG‑TTGCTCGCGGCAGTTTTTGATCAGATCGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAGCACCGACTGAGCGGTTTT‑CTCCAGATAAGGCACATGGATCTGAATATCGTGCGCCTGGCCGATACGATCCAGACGACCAATACGCTGCTCCAGTAGATCCGGGTTGAATGGCAGGTCAAACATCACCATGTGGCTGGCG > NC_000913/60955‑61543 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |