Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_000913 | 2,934,747 | 1 | .→T | 1.0% | 2.3 0.0 ‑0.4 | 193 | coding (513/1317 nt) | fucP | L‑fucose transporter |
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (97/94): total (98/95) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.99e-01 |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GGTTATTTCATTATCCCAATCCCTGCTGGGATATTGATGAAAAAACTCAGTTATAAAGCAGGGATTATTACCGGGTTATTTTTATATGCCTTGGGTGCTGCATTATTCTGGCCCGCCGCAGAAATAATGAACTACACCTTGTTTTTAGTTGGCCTATTTATTATTGCAGCCGGATTAGGTTGTCTGGAAACTGCCGCAAACCCTTTTGTTACGGTATTAGGGCC‑GGAAAGTAGTGGTCACTTCCGCTTAAATCTTGCGCAAACATTTAACTCGTTTGGCGCAATTATCGCGGTTGTC‑TTTGGGCAAAGTCTTATTTTGTCTAAC‑GTGCC‑ACATCAATCGCAAGACGTTCTCGATAAAATGTCTCCAGAGCAATTGAGTGCGTATAAACACAGCCTGGTATTATCGGTACAGACACCTTATATGATCATCGTGGCTATCGTGTTACTGGTCGCCCTGCTGATCATGCTGACGAAATTCCCGGCATTGCAGAGTGATAATCACAGTGACGCCAAACAAGGATCGTTCTCCGCATCGCTTTCTCGCCTGGCGCGTATTCGCCACTGGCGCTGGGCGGTATTAGCGCAATTCTGCTATGT > NC_000913/2934451‑2935046 | aTCCCAATCCCTGCTGGGATATTGATGAAAAAACTCAGTTATAAAGCAGGGATTATTACCGGGTTATTTTTATATGCCTTGGGTGCTGCATTATTCTGGCCCGCCGCAGAACTAATGAACTACACCTTGTTTTTAGTTGGCCTATTTATTATTGCAGCCGGATTCGGTTGTCTAGAAACTGCCGCAAACCATTTTGTTACGGTTTTAGGGCC‑GGCAAGTAGTGGTCACTTCCGCTTAAATCTTTCGCAAACATTTAACTCGTTTGGGGCAATTATCGCGGTTGTC‑TTTGGGCacggtattt > 2:375301/1‑293 (MQ=255) 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gggcAATTATCGCGGTTGTC‑TTTGGGCAAAGTCTTATTTTGTCTAAC‑GTGCC‑ACATCAATCGCAAGACGTTCTCGATAAAATGTCTCCAGAGCAATTGAGTGCGTATAAACACAGCCTGGTATTATCGGTACAGACACCTTATATGATCATCGTGGCTATCGTGTTACTGGTCGCCCTGCTGATCATGCTGACGAAATTCCCGGCATTGCAGAGTGATAATCACAGTGACGCCAAACAAGGATCGTTCTCCGCATCGCTTTCTCGCCTGGCGCGTATTCGCCACTGGCGCTGGGCGGTAt < 2:806453/298‑1 (MQ=255) gcgcAATTATCGCGGTTGTC‑TTTGGGCAAAGTCTTATTTTGTCTAAC‑GTGCC‑ACATCAATCGCATGACGTTCTCGATAAAATGTCTCCAGAGCAATTGAGTGCGTATAAACACAGCCTGGTATTATCGGTACAGACACCTTATATGATCATCGTGGCTATCGTGTTACTGGTCGCCCTGCTGATCATGCTGACGAAATTCCCGGCATTGCAGAGTGATAATCACAGTGACGCCAAACAAGGATCGTTCTCCGCATCGCTTTCTCGCCTGGCGCGTATTCGCCACTGGCGCTGGGCGGTAt < 2:305205/300‑1 (MQ=255) cAATTATCGCGGTTGTC‑TTTGGGCAAAGTCTTATTTTGTCTAAC‑GTGCC‑ACATCAATCGCAAGACGTTCTCGATAAAATGTCTCCAGAGCAATTGAGTGCGTATAAACACAGCCTGGTATTATCGGTACAGACACCTTATATGATCATCGTGGCTATCGTGTTACTGGTCGCCCTGCTGATCATGCTGACGAAATTCCCGGCATTGCAGAGTGATAATCACAGTGACGCCAAACACGGATCGTTCTCCGCATCGCTTTCTCGCCTGGCGCGTATTCGCCACTGGCGCGGGGCGGTATTAg > 1:100778/1‑300 (MQ=255) | GGTTATTTCATTATCCCAATCCCTGCTGGGATATTGATGAAAAAACTCAGTTATAAAGCAGGGATTATTACCGGGTTATTTTTATATGCCTTGGGTGCTGCATTATTCTGGCCCGCCGCAGAAATAATGAACTACACCTTGTTTTTAGTTGGCCTATTTATTATTGCAGCCGGATTAGGTTGTCTGGAAACTGCCGCAAACCCTTTTGTTACGGTATTAGGGCC‑GGAAAGTAGTGGTCACTTCCGCTTAAATCTTGCGCAAACATTTAACTCGTTTGGCGCAATTATCGCGGTTGTC‑TTTGGGCAAAGTCTTATTTTGTCTAAC‑GTGCC‑ACATCAATCGCAAGACGTTCTCGATAAAATGTCTCCAGAGCAATTGAGTGCGTATAAACACAGCCTGGTATTATCGGTACAGACACCTTATATGATCATCGTGGCTATCGTGTTACTGGTCGCCCTGCTGATCATGCTGACGAAATTCCCGGCATTGCAGAGTGATAATCACAGTGACGCCAAACAAGGATCGTTCTCCGCATCGCTTTCTCGCCTGGCGCGTATTCGCCACTGGCGCTGGGCGGTATTAGCGCAATTCTGCTATGT > NC_000913/2934451‑2935046 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |