| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,187,596 | T→C | 7.8% | G273G (GGA→GGG) | yehA ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,187,596 | 0 | T→C | 7.8% | 3.5 0.0 ‑0.0 | 51 | G273G (GGA→GGG) | yehA | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/2): ref base (24/23): total (26/25) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.48e-01 | ||||||||||
ATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTATGACAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGT > NC_000913/2187326‑2187890 | aTGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGt > 2:670890/1‑301 (MQ=255) cacCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTgtgt < 2:569393/301‑1 (MQ=255) tGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTg < 2:958050/301‑1 (MQ=255) ttattaGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAg > 2:124548/1‑301 (MQ=255) cGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAAt > 2:53946/1‑301 (MQ=255) tCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAACCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATa > 2:951376/1‑300 (MQ=255) gcttgTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAAc > 1:339778/1‑276 (MQ=255) 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ccTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGCTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTAt > 1:182638/1‑217 (MQ=255) gcgcCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAg < 1:832904/231‑1 (MQ=255) gcgcCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAg > 2:832929/1‑231 (MQ=255) 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ttttGACTTTGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAACCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAACGGGAATACTg < 1:951335/301‑1 (MQ=255) ttttGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAACGGGAATAc < 1:32056/299‑1 (MQ=255) ttttGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAACGGGAATACTg < 1:627404/301‑1 (MQ=255) ttCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAACGGGAATACTGTCTAAAg < 2:941153/301‑1 (MQ=255) tCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAACGGGAATACTGTCTAAAGt < 2:673011/301‑1 (MQ=255) tCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAAt < 1:32377/301‑1 (MQ=255) atCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATGAATTTTTACAACGCAGAATAATATcc < 1:167980/203‑1 (MQ=255) atCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATcc > 2:167982/1‑203 (MQ=255) ccTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAatat > 1:753404/1‑199 (MQ=255) ccTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAatat < 2:753423/199‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |