| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | .→G | 94.6% | 12.9 ‑1.3 ‑1.6 | 129 | intergenic (‑2/+1) | glpR/glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (58/64): ref base (5/2): total (63/66) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.66e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.33e-02 | ||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TCCCGCCATCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGC‑GTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCA‑CGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CA‑GGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGAC‑GTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCA‑ACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACC > NC_000913/3560156‑3560731 | ccgcgctgtcaTTGGCCAACGGGGAGCAGGATCGTAAGATCTTCTGTTACCATTAACAGGTTATGTATGGTTAGATTGGTGGTGACAATGATCAAATTGTTGGGATTGCGCAGTTCTGGCGCTATCGTGCGCGGT‑GTTGGGCTGCTATCGATAAACAGCGGCGTGCCAGTGGGGATGTGTTCCGTCATGTTGCGTGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCCGGGTGGCTTTGCGATCGTGCCA‑CTGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCAATGATGG‑CGCA‑TGATCAggg < 1:1116019/291‑2 (MQ=255) 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gtgtTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCA‑GGATCAGGTTTTGCTCCACCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACTGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATCATACCGTTTTGAC‑GTTGTGTTTGTTTCCTTTATAAATCCCTTGACTTCTTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCG‑ACACCAGCCATCGCTAAACCCCCGACCAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATctc > 1:858481/1‑298 (MQ=255) aCCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCA‑GGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGCCATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGAC‑GTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCC‑ACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGCTGTGTGCTCCGTTCGCCATCCACATCCca > 2:722243/1‑301 (MQ=255) cAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑GAGGGAGCAGGTTTTGCTACGCAAAGTCATGGAGGGCGCGGCGAAGAGTATGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCGACCAGCACGTCTGTACTGACAGAACCCTGATGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGAC‑GTGGTGTTGGTTTCATTTATAAAGCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCA‑ACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAAcc < 2:602597/300‑1 (MQ=255) | TCCCGCCATCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGC‑GTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCA‑CGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CA‑GGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGAC‑GTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCA‑ACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACC > NC_000913/3560156‑3560731 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |