Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,417,888 | 1 | .→T | 0.9% | 2.2 0.0 ‑0.5 | 216 | coding (121/171 nt) | ydaE | conserved protein, Rac prophage |
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (105/109): total (106/110) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.31e-01 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGATTCACCTCGTGAACAATGTCATCGGTAGTTACAACAGTGGCTTCATAATTGGTAATCATGTTTTTCTCCTTAATTAAGGTTGAGCGAATACCTGCCATTTCTGGCATAAATTCAGTTTCGAATAGTCAATTAATTAAAGTTCATGTGCCATCTGGTCTTTTTCGGCACAAGCTTCACTGCAATATTTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCATGAAGTGAAGCATTCTTTCAATAGCTTTGCTTTCTTCAACGTCTTTTTTGCAAAGGTGGTAAGCACATTTTATTTTCTTAGTCATCACCATGACTCCGCCTTTACAGGTAAACCATCACGACCGAGGAAGACTTTAATCATGCGGTCAGTAATGA‑ATGTTTTTGTGGTCAGGTTACGAATATATAGTTTTCGCTTTTTAATATTGTTTGCCGAGGCAATATATGTCCGGCCTTCATGAAGAACATAATCGCCAGGAGTCACAC > NC_000913/1417589‑1418186 aagtgtataagagaaagggtttgACGTAGACTGATGGACCATCGATATCAACACCAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTGCTGGTGTAATTACGGAGCCAATGCGCTTTCCGTCCAGATTCACCTCGTGAACAATGTCATCGGTAGTTAAAACAGTGGCTTCATAATTGGTAATCATGTTTTTCTCATTAATTAAGGGTGAGCGAATACCTGCCATTTCTGGCATAAATTCAGTTGCGAATAGTCAATTAATTAAAGTTCATGTGCCATCTGGTCTTTTTCGGCACAAGCTTCACTGCAatat < 1:1458360/282‑1 (MQ=255) acacCTTCATCAAGTGGTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGATTCACCTCGTGAACAATGTCATCGGTAGTTACAACAGTGGCTTCATAATTGGTAATCATGTTTTTCTCCTTAATTAAGGTTGAGCGAATACCTGCCATTTCTGGCATAAATTCAGTTTCGAATAGTCAATTAATTAAAGTTCATGTGCCATCTGGTCTTTTTCGGCACAAGCTTCACTGCAATAttt < 2:1307480/301‑1 (MQ=255) tcatcaAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGATTCACCTCGTGAACAATGTCATCGGTAGTTACAACAGTGGCTTCATAATTGGTAATCATGTTTTTCTCCTTAATTAAGGTTGAGCGAATACCTGCCATTTCTGGCATAAATTCAGTTTCGAATAGTCAATTAATTAAAGTTCATGTGCCATCTGGTCTTTTTCGGCACAAGCTTCACTGCAATATTTTCTCgg > 2:1275318/1‑301 (MQ=255) gtTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATCTCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGATTCACCTCGTGAACAATGTCATCGGTAGTTCCAACCGTGGCTTCATCATTGGTAATCATGTTTTTCTCCTTACTTACGGTTAAGCGAATCCCTGCCATTTCTGGCCTCACTTCCGTTTCGAATAGTCAATTACTTAAAGTTCTTTTTCCATCTGGTCTTTTTAGGCACATGCTTCCCTTCACTATTTTCTCGTttgtttttt > 1:1134530/1‑294 (MQ=255) 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gCAATATTTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCATGAAGTGAAGCATTCTTTCAATAGCTTTGCTTTCTTCAACGTCTTTTTTGCAAAGGTGGTAAGCACATTTTATTTTCTTAGTCATCACCATGACTCCGCCTTTACAGGTAAACCATCACGACCGAGGAAGACTTTAATCATGCGGTCAGTAATGA‑ATGTTTTTGTGGTCAGGTTACGAATATATAGTTTTCGCTTTTTAATATTGTTTGCCGAGGc > 1:441295/1‑257 (MQ=255) atatTTTCTCTGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCATGAAGTGAAGCATTCTTTCAATAGCTTTGCTTTCTTCAACGTCTTTTTTGCAAAGGTGGTAAGCACATCTTATTTTCTTAGTCATCACCATGACTCCGCCTTTACAGGTAAACCATCACGACCGAGGAAGACTTTAATCATGCGGTCAGTAATGA‑ATGTTTTTGTGGTCAGGTTACGACTATATAGTTTTCGCTTTTTAATATTGTTTGCCGAGGCAATATATGTCCGGCCTTCATGAAGAACATAATCGCCAGGAGTcacac < 2:936482/301‑1 (MQ=255) atatTTACTTGTTTCGTCTTTTGATAAAATCCCTGGAATGAAGTGAAGCAGTCTTTCATTAGCGTGGCTTTCTTCTACGTCGTTTTGGCAAAGGGGGTAAGCACATTTTATTTTCTTAGTCAGCACCATGATTACGCCTTTACAGGTAAACCATCACGACCGAGGAAGATTTTAATCATGCGGTCAGTAATGA‑ATGTTTTTGTGGTCAGGTTACGAATATATAGTTTTCGCTTTTTAATATTGTTTGCCGAGGCAATATATGTCCGGCTTTCATGAAGAACATAATCGCCAGGAATcacac < 2:1212619/301‑1 (MQ=255) TGACACCTTCATCAAGTGTTTTTACGTTGCCTGATGGACCATCGATATCAACCACAGTGAATGGGGTTTCTTTATTTTCTGTTTTAATTACGTAGCCAATGCGCTTTCCTTCCAGATTCACCTCGTGAACAATGTCATCGGTAGTTACAACAGTGGCTTCATAATTGGTAATCATGTTTTTCTCCTTAATTAAGGTTGAGCGAATACCTGCCATTTCTGGCATAAATTCAGTTTCGAATAGTCAATTAATTAAAGTTCATGTGCCATCTGGTCTTTTTCGGCACAAGCTTCACTGCAATATTTTCTCGGTTCGTCTTTTGATAAAATCCCGTGCATGAAGTGAAGCATTCTTTCAATAGCTTTGCTTTCTTCAACGTCTTTTTTGCAAAGGTGGTAAGCACATTTTATTTTCTTAGTCATCACCATGACTCCGCCTTTACAGGTAAACCATCACGACCGAGGAAGACTTTAATCATGCGGTCAGTAATGA‑ATGTTTTTGTGGTCAGGTTACGAATATATAGTTTTCGCTTTTTAATATTGTTTGCCGAGGCAATATATGTCCGGCCTTCATGAAGAACATAATCGCCAGGAGTCACAC > NC_000913/1417589‑1418186 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |