Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,954,262 | 1 | .→T | 0.9% | 0.8 0.0 ‑0.2 | 233 | coding (821/972 nt) | cmoB | tRNA (cmo5U34)‑carboxymethyltransferase, carboxy‑SAM‑dependent |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (117/114): total (118/115) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.73e-01 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
GCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTT > NC_000913/1953963‑1954558 | gcATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGa < 2:1398174/300‑1 (MQ=255) tgtgtacctgtAGGTATTGAACAACGTCACGCAATGAACGCCTTTGAGAGCGTCTTTTCGATGTGCGTGCGTTACCATAGCCGCTCACCGCGGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGA‑‑tg < 1:104413/288‑1 (MQ=255) gTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGCAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACAAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATACCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTac > 2:752120/1‑300 (MQ=255) ttAGGTATTTAACAACGGCCGGCTCTGAAAGCCTTTGAGACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTAACCTGTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTacca < 1:206768/301‑1 (MQ=255) tgaTTCAACAACTGCCGGCTCGTCAAGCTTGTGATACCGTCTTTTCGATGGTCGTGCGTTACAATCGCCGTTCGACGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCACCTGGTCAAGGAAGGTGAGCTGGTGCTGGAAACGCTTGTTATTGATGTTGATGAGAACACTGTGCTGGGACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCGTCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGAGATCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑TGCGTTACcaccac < 2:308535/299‑1 (MQ=255) ttGGACAGCTTCCGGGAGTGAAAGCATTGGATACCGTCTTTTCGATGGGGGTGCTTTAGCATCGCCGGTGAGGGCAGGGGCATCTATGGCAATTGAAAGATCAACTGGTCAATGAGGGTGAACTTGGGCTGGGAACGCTGGTTATTGATGGGGATGAGAACGCGGTGCTGGTACCAGGCGAGCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTAGTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGGGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGGGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCACaga < 1:388972/301‑1 (MQ=255) gAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGATGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGAACAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCCGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAACACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTCGATATCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCAAagaaa > 1:114248/1‑300 (MQ=255) ccTTCCGGAACTGAAAACCTTTGATACCGTCTTTTCGAGGGGAGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGTGCATGTATGTGAGTTGAAAGATAAACGTGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCACAGAAGagcag < 1:968232/300‑1 (MQ=255) ttCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGCACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCACTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTTTGGTTTTGTAGGTATCCGCATTGCTG‑‑‑CGTGTAGCGTTACCACCTCAGAAGCGCCGCg > 2:112623/1‑301 (MQ=255) cgcTGAAAGACTTTGATACCGTCTTTGCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCAACGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCGGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCAc < 2:114250/299‑1 (MQ=255) 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gTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCATCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACACGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTCGCCGGCGTACCAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAAGCAGCTTTACGgtt > 2:899081/1‑301 (MQ=255) gTAGATATCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGACGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATa > 2:121944/1‑301 (MQ=255) gTAGATATCCGCAGTGCGGA‑‑TGGG‑AGCGGGAACACCACAGAAGAGCAGAGACGCACCGAATGGATGGTTACTGAATAGCTGGCAGATTGCCTAGACGAACAAGAGCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATcc < 2:769422/213‑1 (MQ=255) tatCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCCAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTa < 2:397530/253‑1 (MQ=255) cATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATACGGGTAACACGGTGGCAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGCTTGCGCGCCAGCCGTAAATGTCTGGCATTACTGCCGGCTGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAAGATATTGCCGTGCCTAGGTCGACCTGATACACGTACCGCCTACCGCGGCTTTAGTTTTGCTTACCCTCCgcgc > 1:1401378/1‑300 (MQ=255) ttGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCTCGGTGCAGATTGCTCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTCCCGGATTCGGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTTATACGCATAACCCATCAGGCAGACTTACCtttcccttaccccaccggcc > 1:1231525/1‑283 (MQ=255) | GCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGA‑‑TGTG‑AGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTT > NC_000913/1953963‑1954558 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |