Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,056,359 | 1 | .→C | 0.9% | 2.0 0.0 ‑0.8 | 211 | coding (119/549 nt) | fau | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (102/107): total (103/108) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.45e-01 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GGTGAGCATGCTCGGTCCGTCCGAGAAGCCTTAAAACTGCGACGACACATTCACCTTGAACCAAGGGTTCAAGGGTTACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATGAGCCAAAATTGGATGTGCGTGACGTGCTACCCCTTTCCCGATTAGACGTGCTGATCACACCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAA > NC_000913/3056061‑3056657 | tGCTCGGTCCGTCCGAGAAGCCTTAAAACTGCGACGACACATTCACCTTGAACCAAGGGTTCAAGGGTTACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑cc > 2:141009/1‑293 (MQ=255) gtccgtccGAGAAGCCTTAAAACTGCGACGACACATTCACCTTGAACCAAGGGTTCAAGGGTTACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACCTTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGCAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATTATGACTTCTCCCCCGGTGGTTATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCCCTTTTGATgg > 1:1266528/1‑300 (MQ=255) gCCTTAAAACTGCGACGACACATTCACCTTGAACCAAGGGTTCAAGGGTTACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCACCCAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACAcc > 2:760370/1‑300 (MQ=255) ccTTAAAACTGCGACGACACATTCACCTTGAACCAAGGGTTCAAGGGTTACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGCAATCCGCAAACTGATTCGGCAACGTCGTAGTCCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGTTCAACAAGCCTCTACCCGGTTGAAGCGTTAACACCTGTGGGTTATGGCACATACGGGCGCTGATTT‑CCCTCCGTTTGTTGGCTAAccggcccaccg > 1:1201830/1‑291 (MQ=255) ccgccgcaggctgtaacccTTGAACCAAGGGGTCAAGGGTTACAGCATGCGGCGGTATCTCGCAGATTCCCTTCTTACCTGGCACTAGCCATGCCGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGCCATCTGCAAAATGATTCGCCAACTTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACTACAGCAGGACATGGAGCAACACGCCGCTAGCCGGCTCCTGACTTATCCCCCGGTGGGGATGGCACATACGGTCCATGTATT‑CCTCTCTTTTGATTGCCACCTTGACAACCAGC‑CACTc > 1:53027/18‑300 (MQ=255) acgacACATTCACCGTGAACCAAGGGTTCAAGGGTTACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCAGGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGaa < 2:38614/301‑1 (MQ=255) cgatccaTTCACCTTGAAACAAGGGTTCAAGGGTTACATCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCGTCTTATCTGGCACAAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATTCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGaac < 2:1146608/296‑1 (MQ=255) cacaTTCACCTTGAACCAAGGGTTCAAGGGTTACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAACTGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGACATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGCTGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCCCCTACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTTATGGCGAACTCGACACCCACC‑CACTCATAGaacaaa > 1:797808/1‑300 (MQ=255) caTTCACCTTGAACCAAGGGTTCAAGGGTTACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGAACAAct > 2:850100/1‑300 (MQ=255) caTTCACCTTGAACCAAGGGTTCAAGGGTTACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCGCTCTTTTGATGGCGAACTCGACCCCCAGC‑CACTCATAGACCAAct > 2:1085879/1‑300 (MQ=255) 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gttcaagggttACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATCCGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGACCTCGACACCCAGC‑CACTCCTAGAACAACCCTGGCGCGCCGGGACGcgcg > 1:324683/1‑301 (MQ=255) gttcaagggttACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGcgcg > 2:1123755/1‑301 (MQ=255) gggttACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACCTTATCCCGACAAGACATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGCACAACCGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGATCCCCGGATTATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGCGGGCGACCTCGCCACCACGC‑CAATCATCGAACAACGCTGCAGCCCCGTGAAGCGCGtatac > 1:1402489/1‑299 (MQ=255) gggttACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTCTCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGACCAACAGCAGGCAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGCTGATGACTTATCCACCAGTGGTGTTTGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGCTGACGACATCGACCCCCAGC‑CACTCATAGACCAACTCTGGCGCGACGGGAAGCGCTtattt > 2:1160101/1‑298 (MQ=255) gggttACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACCAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCACCCCCCAGC‑CACCCATAGAACACCTCTGGCGCGCCGGTCAGCGCGTatat > 2:690448/1‑300 (MQ=255) gggttACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGCAACCCAGC‑CACCACTAGAACAACCCTGCCCCCCAGGCAAGCCCGtatac > 1:649725/1‑299 (MQ=255) gggttACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATG‑CCTCTCTTTTTATGGCGAACTAGACACCCAGC‑CACCCATAGAAAAACCCTGGCGCGCCGAGAAGCGGGtatac > 1:729077/1‑299 (MQ=255) tgttACAGCCTGCGGCGGCAGCTCGGAGAGTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGAGTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATc < 1:1501367/299‑1 (MQ=255) ggttCCACCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCCTATCTGGCATCACCCATGCAGCAACGACCAAAACCCCCACGGACATTAGCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTatat < 1:1123729/299‑1 (MQ=255) 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cttcttATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGACTCCCTTTAGTGCCGGTAAttt > 1:209715/1‑301 (MQ=255) cttcttATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTACCACTGACATTAGCCCGACAAGAAATCCGCACAATGATTCGGCCACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCAGCTACCCGGATGATGGCTTATCCCCCGGTGGAGATGGCACATACGGGCGCTGTATA‑CCACTCTTTTGATGGCGGCATCGACACCCGTC‑CACTCATATAGCGCCTCGTGCGCGCAGTGAACCCCAGAGCTCGTCCAGTTTGGCCTCCCTTTAGGGCCGGGAGttt > 1:746917/1‑301 (MQ=255) tcttATCTGGAACCAGCCAGTACGAAACTACCAGAACCCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGc < 1:926435/301‑1 (MQ=255) 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gTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATGAGCCAAAATTGGATGTGCGTGACGTGCTACCCCTTTCCCGATTAGACGTTCTGATCACACCGCTGGTCGCCTTTGTTGCGTAAGGTCAGCGCCTGGGAAGGGGCGGTGGTTTTTATTTTTGGACCTTa > 1:861543/1‑300 (MQ=255) gTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATGAGCCAAAATTGGATGTGCGTGACGTGCTACCCCTTTCCCGATTAGACGTGCTGATCACACCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTa > 2:1082421/1‑300 (MQ=255) | GGTGAGCATGCTCGGTCCGTCCGAGAAGCCTTAAAACTGCGACGACACATTCACCTTGAACCAAGGGTTCAAGGGTTACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATT‑CCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGC‑CACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATGAGCCAAAATTGGATGTGCGTGACGTGCTACCCCTTTCCCGATTAGACGTGCTGATCACACCGCTGGTCGCCTTTGATGAGTACGGTCAGCGCCTGGGAATGGGCGGTGGTTTTTATGATCGGACCTTACAA > NC_000913/3056061‑3056657 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |