| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,157,636 | G→C | 7.8% | intergenic (+62/‑233) | ycfH → / → ptsG | putative DNase/fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,157,636 | 0 | G | C | 7.8% | 163.5 / 5.4 | 51 | intergenic (+62/‑233) | ycfH/ptsG | putative DNase/fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/26); new base C (2/2); total (23/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.00e-01 | |||||||||||
CGATGCTGCGCGTTATGTCCCCCTGGATCGGTTACTGGTGGAAACTGACTCACCTTACCTTGCGCCGGTACCGCATCGAGGAAAAGAGAATCAACCTGCGATGGTTCGTGACGTTGCAGAATACATGGCTGTGTTGAAAGGTGTTGCCGTTGAAGAACTGGCGCAGGTAACCACCGATAACTTCGCCCGTCTGTTTCACATCGACGCTTCCCGCCTTCAATCCATCCGTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACT > NC_000913/1157343‑1157936 | ggttgctgcGGGTTAGGTTCCCCTGGATTGGTTACTGGTGGAAACTGACTCACCTTACCTTGCGCCGGTACCGCAGCGAGGAAAAGAGAATCAACCTGCGATGGTTCGTGACGTTGCAGAATACATGGCTGTGTTGAAAGGTGTTGCCGTTGAAGAACTGGCGCAGGTAACCACCAATAACTTCGCCCGTCTGTTTCACATCGACGCTTCCCGCCTTCAATCCATCCGTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTg < 1:38900/298‑1 (MQ=255) 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CGATGCTGCGCGTTATGTCCCCCTGGATCGGTTACTGGTGGAAACTGACTCACCTTACCTTGCGCCGGTACCGCATCGAGGAAAAGAGAATCAACCTGCGATGGTTCGTGACGTTGCAGAATACATGGCTGTGTTGAAAGGTGTTGCCGTTGAAGAACTGGCGCAGGTAACCACCGATAACTTCGCCCGTCTGTTTCACATCGACGCTTCCCGCCTTCAATCCATCCGTTGAATGAGTTTTTTTAAAGCTCGTAATTAATGGCTAAAACGAGTAAAGTTCACCGCCGAAAATTGGGCGGTGAATAACCACGTTTGAAATATTGTGACATATGTTTTGTCAAAATGTGCAACTTCTCCAATGATCTGAAGTTGAAACGTGATAGCCGTCAAACAAATTGGCACTGAATTATTTTACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACT > NC_000913/1157343‑1157936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |