| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,724,285 | G→C | 7.6% | A124G (GCT→GGT) | sodC ← | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,724,285 | 0 | G | C | 7.6% | 206.3 / 7.8 | 66 | A124G (GCT→GGT) | sodC | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/29); new base C (2/3); total (34/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
CCACACTTGAAGAATTACAGCGGATTTGCGACAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATC > NC_000913/1723985‑1724581 | ccACACTTGAAGAATTACAGCGGATTTGCGACAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAg > 2:308163/1‑301 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |