| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,691,173 | A→T | 8.7% | intergenic (‑75/+483) | glrK ← / ← purL | sensor protein kinase regulating glmY sRNA in two‑component system with response regulator GlrR/phosphoribosylformyl‑glycineamide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,691,173 | 0 | A | T | 8.7% | 195.1 / 4.6 | 64 | intergenic (‑75/+483) | glrK/purL | sensor protein kinase regulating glmY sRNA in two‑component system with response regulator GlrR/phosphoribosylformyl‑glycineamide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/29); new base T (4/2); total (33/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
TGACGGTAACTACGCTCCATCTCCAGCGCCGCGTTGGTCATCGCTTCACTGCGCCGGGCATCAATAAGCGTAGTGCGGTTAACCAGCGCCGCCTGATCGCTAAGCGCATTCAGGCTTTGCCAGGCTTGCCATGCCAGCACCAACAGGGGCAGCAGAATCAGCAAAAATGCCAGCATTACCAGTTGTCGTAATGAGCGGGGAAAAACGGGCCAGCGTTTCAAGGTGTTACTCTCGTCAGACGCGAATAGCCTGATGCTAACCGAGGGGAAGTTCAGATACAACAAAGCCGGGAATTACCCGGCTTTGTTATGGAATAAGGCGGTGCCTAACTCGACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGAAGGGGCTGACATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGAC > NC_000913/2690878‑2691473 | tGACGGTAACTACGCTCCATCTCCAGCGCCGCGTTGGTCATCGCTTCACTGCGCCGGGCATCAATAAGCGTAGTGCGGTTAACCAGCGCCGCCTGATCGCTAAGCGCATTCAGGCTTTGCCAGGCTTGCCATGCCAGCACCAACAGGGGCAGCAGAATCAGCAAAAATGCCAGCATTACCAGTTGTCGTAATGAGCGGGGAAAAACGGGCCAGCGTTTCAAGGTGTTACTCTCGTCAGACGCGAATAGCCTGATGCTAACCGAGGGGAAATTCAAATACAACAAAGCCGGGTAATTCCCgg > 2:434998/1‑301 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |