| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 317,566 | G→A | 8.8% | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ → | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 317,566 | 0 | G | A | 8.8% | 160.5 / 5.5 | 57 | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/27); new base A (2/3); total (27/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.02e-01 | |||||||||||
AGTCCTACATTATTAATGAATTTTTTGCATAAGTGATATCAAAATCCACATACTACTTTGAGGTTACGTTTTAACGTAGACTCATTGTTCATGCCTAATGGAGGGACTGACAGTGGAATTTTCCGTATAGTCTGCTTCAGAGTATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCGGATTATCAATATTCAGTTTTTAACGTTGAACTGGATTCATTACTGCGTTGTTTAAGAATTTCCCGCGCCGAATCTGCCATTATCATGACTGCACCTGCCAGCATCAGAGTATCTTTCAATACCAGGCGACCAGCACCGG > NC_000913/317273‑317859 | aGTCCTACATTATTAATGAATTTTTTGCATAAGTGATATCAAAATCCACATACTACTTTGAGGTTACGTTTTAACGTAGACTCATTGTTCATGCCTAATGGAGGGACTGACAGTGGAATTTTCCGTATAGTCTGCTTCAGAGTATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTaa > 2:162096/1‑301 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |